我們所有的植物學家都同意，新大陸的高度文明最初的發展與種植玉米有關。玉米是前哥倫布時代美洲印第安人的生活支柱，事實上今天生活在美國南方的人們也是如此。但是關於玉米起源於美洲的什麽地方這個問題，始終沒有一致的答案。有一個學派認為農業發源於南美洲的秘魯高原，而另一個學派則認為農業發源於中美洲北部，更具體地說是危地馬拉西部高地。由於這兩個學派都承認玉米是新大陸最先種植的農作物，因此玉米在美洲的起源地也可以回答新世界農業的起源地這個更重要的問題。
這兩個學派對立的觀點基於不同的事實。一個學派認為，哪裏發現的玉米品種最多，那麽這種穀物就一定是在哪裏培育起來的；而另一個學派則認為，無論玉米的種類和數量多少，都必須有一些原本就可以培育的始祖植物或者親緣植物。如果我們接受以數量最多的玉米品種作為起源地的決定因素，那就必須承認秘魯高地是最早種植玉米的地區，因為秘魯的玉米品種比美洲任何其他地區都要多；而另一方麵，如果我們接受以關係最近的親緣植物作為起源地的決定因素，那就必須著眼於危地馬拉，因為所知的僅有的兩種可以和玉米雜交的禾本科植物都在危地馬拉：一種是一年生高大草本植物大芻草，另一種是摩擦禾屬的幾個品種。
那些認為印第安玉米的起源地在秘魯的學者肯定完全忽略了玉米的這兩種親緣關係極近的植物。正如一位著名的植物學家敏銳地指出：
他們（秘魯起源假說的支持者）從玉米的譜係裏剔除了大芻草和摩擦禾屬植物這兩種僅有的親緣植物，這樣一來，玉米就沒有現存的親緣植物了，因此他們可以聲稱玉米起源於南美洲某種未知的始祖植物。
他們將玉米和摩擦禾屬植物的一種罕見雜交品種認定為正式的雜交品種，並以此為證據剔除了大芻草和玉米之間的關係。然而，曼格爾斯多夫（秘魯起源假說的主要支持者）和其他一些人完成的這個雜交實驗是有複雜條件的，不可能經常發生，因為這個實驗必須用玉米作為母株，然後隻有打開玉米的外殼並刮去裏麵的絲絮才能完成。雜交品種本身不育，隻是偶爾會產生雌雄蕊同花的花粉粒。根據他們的推測，這種花粉粒能使另一株玉米受精，然而我們現在所知的二次受精或者回交產生的野生玉米品種應該就是從大芻草衍生而來的。