佩滕的喬木森林十分平緩地過渡為半島北部茂密的矮灌木叢。從南到北，樹木變低了，巨大的桃花心木、人心果樹、木棉和西班牙雪鬆逐漸變成低矮的樹木和茂密得多的帶刺灌木叢。
半島的東海岸有大量美洲蒲葵。在海岸後麵的內陸地區有一個長長的、呈手指狀延伸的高地，這是一片南部雨林，生長著很多桃花心木、西班牙雪鬆、人心果樹和其他硬木。這片雨林一直延伸到尤卡坦半島的東北角。
半島北部地勢低而平坦，土壤的腐殖質較薄，深度通常不超過幾英寸。而佩滕土壤的腐殖質要厚得多，為2~3英尺。北部到處都有大量**的天然石灰岩，地表水很少，甚至沒有。
從半島西海岸的錢波通開始，是海拔不超過300英尺的丘陵地帶，平行向北一直延伸到坎佩切城，向東北延伸至馬克斯卡努鎮，向東南轉向延伸到尤卡坦北部中心地帶的楚卡卡夫。如果從飛機上看，這些低矮的山丘高度均勻，似乎是古地質時期的一條大陸海岸線。在其他地方，這樣的山丘看起來並不起眼，但它們卻是從海拔不超過20或25英尺的低而平坦的平原上升起的，所以會產生看似很高的效果，視覺高度遠遠超出了實際高度，當地人稱這些山丘為塞拉尼亞。
這裏湖泊和河流非常少，且所謂的河流比小溪大不了多少。半島北部最大的水域是墨西哥金塔納羅奧州東南部的巴卡拉爾湖。該湖長三十五英裏，最寬處有六七英裏。半島北部中央還有其他幾個較小的湖泊，如奇產卡納布湖和帕耶瓜湖。半島東北部的科巴有五個較小的湖泊。還有三條小河——西海岸的錢波通河、北海岸的拉加托斯河和東海岸的謝爾哈河，但它們都不那麽重要，河水很淺，是很狹窄的入海河流。
東海岸有兩個大海灣，阿森鬆海灣和聖埃斯皮裏圖海灣都比較淺，尤其是後者。越接近坎佩切州南部和金塔納羅奧州的危地馬拉邊界，沼澤就越常見。然而，這些沼澤大部分會在春季或幹燥的月份裏幹涸。向東和向西延伸的山脈向南逐漸變高，直到在佩滕北部達到海拔1000英尺或更高。