孔融天生剛直耿介、一身傲骨，從來不向當權者屈服。早年剛剛踏入仕途，他就初露鋒芒、糾舉貪官，一條條地陳述這些人的罪狀，大快人心。
後來董卓操縱朝廷廢立皇帝時，他又經常忤逆董卓的旨意，結果遭到董卓的報複，從虎賁中郎將左遷(24)為議郎。後來在許昌，孔融又常常議論或寫文章攻擊、嘲諷曹操的一些措施。太尉楊彪因與袁術有姻親，曹操因為厭惡袁術而遷怒於楊彪，打算殺掉楊彪。孔融知道後，顧不得穿朝服就急忙去見曹操，勸說曹操不要濫殺無辜，以免失去天下人心。因為孔融的據理爭辯，楊彪才得免一死。
公元204年，曹操攻下鄴城，其子曹丕納袁紹兒媳甄氏為妻，孔融知道後寫信給曹操說：“武王伐紂的時候，就把妲己賜給了周公。”曹操不明白這是對他們父子的譏刺，還問此事出自什麽典故。孔融回答道：“看看今天曹丕的行為，和當年武王送妲己給周公的情形是一樣的。”
戰時連年用兵，又加上災荒，軍糧十分短缺，曹操為此下令禁酒，孔融又一連作書加以反對。
對於孔融一再與自己作梗，曹操是早懷嫉恨的，隻因當時北方形勢還不穩定，而孔融的名聲又太大，不便對他怎樣。到了公元208年，北方局麵已定，曹操掌握了朝廷的實權。在著手實施他的統一大業前夕，為了排除內部幹擾，便對孔融下手了，一代大儒的人生也就畫上了句號。
而孔融本人還一無所知。