華佗給陳登治病的事很快就傳到了曹操的耳朵裏，當時正是曹操和袁紹的對峙到了白熱化的地步。隻有打敗袁紹，曹操才算是在北方站穩了腳跟。
曹操為了戰勝袁紹，經常殫精竭慮，夜不能眠。可能是因為精神壓力太大，以至於頭疼難忍，經常要讓人用布條勒住自己的頭部使勁拉扯才能暫緩頭疼。曹操聽說華佗醫術高明後，就把華佗請來給自己看病。
華佗剛到曹操府上治病的時候，曹操對他還是比較尊重的。華佗給曹操針灸之後，告訴曹操他這是慢性病，需要慢慢治，並讓他好好休息，不可思慮太多。可是曹操心機深沉，成天思慮謀劃，哪裏歇得下來，所以他的頭痛病時常複發。
他認為這是華佗故意不將自己的病治好，將責任全部歸在了華佗身上。華佗見他不聽自己的囑咐，更何況以曹操的性格，如果他一直無法痊愈，自己肯定難逃一死。所以華佗假稱要回家取藥就離開了曹府。
許久之後，曹操見華佗還不回來，就讓人去召他，華佗又稱自己妻子得了病，不能回去。曹操不信，讓人去查，發現華佗的妻子根本沒有生病。曹操認為華佗在欺騙自己，不想給自己治病，就將華佗抓了起來，嚴刑拷打。最終，華佗死在獄中，連他寫下的醫書《青囊經》也因為無人敢收藏，隻能一把火給燒了。
至此，神醫隕落，給中國的醫學史留下了莫大的遺憾。
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傳說中的“岐黃之術”
人們常把古代醫學稱作“岐黃之術”，這是為什麽呢？黃指的是上古時代的軒轅黃帝，岐指的是他的臣子岐伯。
相傳黃帝常與岐伯、雷公等臣子坐而論道，探討醫學問題。他們對疾病的病因、診斷以及治療等原理設問作答，並進行闡釋，其中的很多內容都記載於《黃帝內經》這部醫學著作中。後世出於對黃帝、岐伯的尊崇，遂用岐黃之術指代中醫醫術。