首先是地理位置因素。中國古代在考慮一個地方能不能成為國都的時候，首先要看的就是它的地理位置，正所謂“自古建邦之國，先取地理之形勢”。南京雖然有著長江這個“天險”作為防守屏障，但是東吳、東晉、南朝時期的宋齊梁陳、五代南唐、南宋等以它們慘痛的曆史經驗告訴後世，長江這個“天險”是可以攻克的。更要命的是，一旦長江失手，南京就再也沒有任何可以用來防衛的屏障了，就像砧板上的魚一樣，任人宰割。
除此之外，從整體的地理位置來看，南京偏居中國的東南。要知道，在古代宣傳的是“王者受命創製建國，立都必居中土”，這也就是為什麽每個朝代在建都時洛陽都是重點關注對象，洛陽位於中原居天下之中，從地理上來說便於控製全國，所以在這一點上，南京又不符合了，它的輻射範圍局限在東南一帶，而明朝疆域廣闊，往北南京就有點力不從心了。而且南京的城市布局也不是特別好，比如南京的皇宮是憑借填湖造陸建起來的，這就導致皇宮的地基不平，出現了“前高後低”的格局。這一點又犯了忌諱了，因為古人信奉的是“聖人之處國者，必於不傾之地”，也就是說皇帝居住的皇宮必須是一眼望過去平平整整、不高不低的。但是反觀北京就不一樣了，其“環滄海以為池，擁太行以為險，枕居庸而居中以製外，襟河濟而舉重以馭輕，東西貢道來萬國之朝宗，西北諸關壯九邊之雉碟，萬年強禦，百世治安。”
可以說在地理位置上，北京確實超過了南京，北京不僅西北東三麵環山，同時還擁有居庸關，做到了有險可守，有關可拒。但北京不會太偏北了嗎？其實不會，因為北京還有個優點就是靠近港口（天津），能夠做到既方便和西邊各國交往又方便和東邊各國交往，並且還能節省招待東西各國使者的花費，最起碼在路程上就少了一大半。