隆武政權和魯王監國的相繼敗亡讓南明遺臣失了主心骨，他們不得不在宗嗣當中進行掃**式的搜尋，終於搜到了桂王朱常瀛的第四子朱由榔。朱由榔在京時便被封為永明郡王，算是萬曆一脈的合格繼承人，於是南明的抗清臣子們紛紛向朱由榔靠攏，準備擇吉日擁立他為新帝。結果事出意外，因臣下之間固有矛盾，有一位前隆武朝的大學士就離開了朱由榔的支持圈，轉而去投奔了已故隆武帝的四弟朱聿粵，並且搶在朱由榔之前將朱聿粵立為南明皇帝，改號紹武。朱由榔這邊的臣子們感到驚訝且憤怒，趕緊擁戴朱由榔也建立政權，是為永曆帝。這樣，一個紹武皇帝，一個永曆皇帝，兩個朝廷相距還不到兩百裏，就連以抗清為主業的大臣們都覺得實在滑天下之大稽。為了一爭正統，這兩位本自同根生的朱氏宗子，居然不顧明亡清興的危機態勢，自相殘殺起來，永曆帝派遣兵部侍郎帶兵“平叛”紹武帝，紹武帝也不甘示弱地奮起對戰，就在兩個小政權戰得正酣之時，一直在旁邊觀戰的清王朝趁機出兵突襲，這老朱家的兩位竟然都沒有想到背後的清朝才是真正的大敵，主要力量都集中在自殘骨肉上，清軍自然立刻得逞。紹武帝朱聿粵在清軍的壓力下不得不自縊，而永曆帝朱由榔雖然暫且保住一條性命，卻完全失了勢，像一個喪家之犬一般驚恐地四處躲藏。自此以後，永曆帝就開始頂著一個至高無上的君王名頭過上了朝不保夕的流亡生活，他懦弱、膽小、毫無主見，雖然在立國之初和那些反清複明大臣們一起喊了不少壯誌淩雲的口號，但是沒有一句被他付諸實踐，永曆皇帝和他的永曆朝恰似整個南明政權的縮影，在一個模模糊糊的家國精神引導之下就要追求建功立業，實際上連自己想要什麽都沒有搞清楚。