萬曆二十八年（公元1600年）五月，楊應龍帶著為數不多的苗兵在最後的一處海龍囤，用滾石和木頭做垂死抵抗，為了爭取更多的緩衝時間，楊應龍又一次使出“必殺技”詐降，但是這一次沒有那麽幸運，跌倒過多次的明軍識破了他的詭計，對海龍囤發起總攻。最後的日子裏，八路明軍總計二十多萬終於勝利會師，威風凜凜地圍在城下，給楊應龍做了一場隆重的送別會。楊應龍看著大勢已去，手中的刀無力垂下，哀聲與妻妾道，以後我就不能再照顧你們了……這人到最後應該是追悔莫及了吧，因為他的折騰，上萬士兵戰死，他自己也落了個走投無路的結局，如果這一切重來，他做人收斂些、做事謹慎些，也許一輩子都還是風景如畫的川黔地界上一個幸福的小土司，守著祖先世代的封蔭顯赫一方。
想歸想，麵前的事實是，劉綎已率軍攻破最後的防線，楊應龍本想背水一戰，招募敢死隊突破重圍，但是不管他提出多高的酬金，都沒有人應戰了，楊應龍別無選擇，在明軍衝到眼前之前與他放不下的寶貝妻妾一同自殺了。
播州之役宣告結束，明軍大勝，世世代代盤踞在播州的楊氏一族盛勢隨著楊應龍叛亂失敗而宣告終結。萬曆下令將已經自殺的楊應龍挫骨揚灰，長子楊朝棟、兄弟楊兆龍在集市大卸八塊，以儆效尤。次年正月，萬曆又正式將平叛全勝的結果昭告天下，他頭也不暈了，腳也不疼了，比起抗日之後“雖強必戮”的威武魄力，這次內部平亂就顯得萬曆是在純屬享受這種淡然冷笑賊子的感覺。不過也許對於作為大明天子萬曆來說，日本豐臣政權，和貴州小土司犯上作亂沒什麽大區別，棄義小國，亂臣賊子，一律必誅。
而楊應龍的叛亂，讓明政府意識到了土司們世襲權力的隱患，更加認真重視地進行了曆史上著名的“改土歸流”之措，最終在後來的清朝完成大規模統一，以加強中央對地方的控製。楊氏一族盤踞的播州，被一分為二，劃為川貴管轄，土地分配和賦稅製度也隨之改變，而曾經與楊應龍恩怨交織的其他家族，則受到比較良好的安撫，播州一帶隱患重重的關隘被挨個拔掉，叛亂之火徹底熄滅了。