再說軍事，雖然這三場戰爭都贏了，卻並不能說明明軍是強大的，因為每一場都打得用盡全力、精疲力竭，是勉強撐下來的。平哱拜，最後不得已用了下策，若不是借著地勢優勢，放黃河水淹了人家，要想贏得戰爭怕是還要多費些功夫，逐日本，是在戰爭與議和的界線上來回反複，拖啊拖啊，拖得豐臣秀吉死翹翹了，才趁機反攻殲敵的，就連收拾一個西南山區的小土司，都是兩次輸慘了以後，舉全國之兵力，把在外作戰的大將調回來才勝利的，所以雖然三場戰役都以勝利畫上句號，但是戰爭細節反而暴露出明軍作戰能力的疲軟，而且不同的地方水平相差太大。曾經戚繼光、李成梁等良將訓練出的軍隊是很硬，但其他地方草包就很多了，比如哱拜就是因為看見寧夏的明軍跟自己差太遠才堅定了造反的念頭，楊應龍也是在遭遇了川軍的軟弱以後信心倍增。
更令人感到脊背發涼的是，明朝的官軍並不是組成國防力量的全部基礎，在明朝的邊疆地區，常常會依賴當地擁兵盤踞的土霸，或是長期駐守的將領私自組織的“家丁”作為防禦力量，這些人無疑構成了明朝軍事安全的嚴重漏洞，哱拜如此，楊應龍亦如此，格外諷刺的是，明朝用來平息兩場叛亂的軍隊重要組成部分，依然是“並未謀反”的私人家丁軍或當地土軍，與“已經謀反”者性質完全相同。
除此以外，頻繁發生在軍隊中的嘩變問題也從未得到過足夠的重視，據不完全統計，萬曆即位以來發生過的兵變數量就達到七次，而如此多的兵變發生的原因不外乎補給不足、待遇太差，可張居正變法的條令被逐漸廢弛之後，萬曆也並沒有拿出什麽實質性的舉措來解決這個問題，當寧夏充分暴露出兵變的態勢後，萬曆依然沒有看到平叛的成功背後，是多麽巨大的蛀洞。