後來萬曆年間長達數十年的國本之爭，就讓我們充分領略了文人黨派星星之火可以燎原的氣勢，顧憲成，還有其他一批氣勢洶洶的言官跟皇帝鬥爭，互相鬥爭。其實在立朱常洛為太子這件事上，大家基本上是同仇敵愾跟萬曆在鬥法，但是別忘了，萬曆為了躲避他們這些言官的口水，更多的時候是在怠政，朝臣們最主要的帶節奏方式——上疏、奏議送進紫禁城，都像送進活死人墓裏麵一樣，毫無回應。為了充實生活，他們隻好展開了互噴行動，爭論話題依然是馬上立太子還是慢慢來。爭論的主題沒什麽意義，完全沒有麵紅耳赤爭個十年的必要，但是爭論什麽並不是重點，重點是爭，是吵，是宣揚話語權，隻要能吵出來輸贏就行，這樣才能體現出來優勢，才能搞到更多的權力——其實這就叫黨爭。
東林黨人雖然一貫標榜正氣凜然、文人風骨、不畏強權，看似坦**，卻也有著難以忽視的局限性。他們的君子品格、寧死不屈，都是在君王的絕對專製之下才存在，一旦爭論的矛頭指向君王本身，再強硬的東林黨人都會露出謙卑之資，莫敢僭越。在顧憲成表現異常突出的京察風波中，事實上下令貶黜吏部孫鑨、趙南星的就是萬曆本人，王錫爵雖與他們有過嫌隙，但斷然不敢越過皇上私自票擬，反而為了息事寧人幾番上疏萬曆，求對吏部從輕發落，也多次致信與顧憲成解釋他並無陷害之意，但是顧憲成等人還是將責任都推給了以王錫爵為代表的閣臣。對於萬曆來說，整治吏部之事的是非黑白並不重要，重要的是他最痛恨大臣抱團行事要挾他，此次執意發落趙南星等人隻是為了抑製大臣們“圈地自重”，但是東林黨人卻不願意麵對和承認這一事實。到了後來，不管東林黨人再怎麽不滿皇帝旨意，也會為其尋找一個“奸佞進讒蠱惑”的借口，隻敢將口誅筆伐的攻勢對準其他大臣本身，這種黑白不分的愚忠思想與其激濁揚清的道德理念委實相悖，對上卑微唯諾對下重拳出擊，東林黨馳名雙標實錘。