在東原以後的那些正統派漢學家，根本不講義理之學。道鹹以後，曾滌生（國藩）頗有不滿意漢學而推崇宋學的意思，但他對於理學並沒有什麽貢獻。晚清今文學派盛行，宋學更沒有人注意。所以在清朝，宋明理學始終沒有重整旗鼓。就今文學派所談的問題看，多半是關於政治方麵的，和理學家所談的性理天道頗不一致，但譚嗣同《仁學》一書，談到了宇宙本體，確是理學家的問題。嗣同的思想，力求衝破名教的網羅，頗有浪漫空想的色彩，他把科學知識和儒、釋、道三家學說混合在一起，而建立一天人合一的“仁”的本體，和陸王派理學思想相仿佛。但他的思想在客觀上是唯物的。
完全有現代科學知識及對於西洋哲學做過有係統的研究，而又繼承宋學傳統，加以新發展的，要算最近發表《新理學》的馮友蘭。馮氏之《新理學》是繼承著程朱的傳統而加以相當修正的。他的宇宙觀仍是理氣二元論的，理是形式，而氣是質料。理屬於真際，屬於邏輯的即形而上的世界，是超時空的。氣屬於實際，即形而下的世界，是在時空的。但在時空的實際的事物，又不隻是氣，而必須是由氣依照理以形成的。他的“理”世界是不變的，而時時變化的實際世界，卻要按照那“理”來變化，不過又不曾完全實現了那“理”。他的“理”是多樣的，每一事物有其所以然之理。他的“理”是包含矛盾的，如他說，事物依照理而有各類之性，有各個體之性，但個體之性與類之性可以有衝突。他修正了朱子“物物有一太極”之說，認為“太極”是一切理之總和，一物隻能有一極（極是標準或極限的意思）。因而朱子“心具眾理”說也給修正了，他以為理是客觀的範疇，一心不可能具眾理。他的理學，不談各種具體的理（各種事物之理，隻能由各部門的科學去研究），而專談抽象的理，所以不至於有因窮竹子的理而生病的結果。他對於“兩儀”“四象”給了新的解釋，對於曆史、革命、道德等，都給時勢的要素以重視。他也和程明道、譚嗣同一樣，認為聖人的境界是與萬物為一體（“仁”），聖人是以“宇宙底心”為心，也可說是“為天地立心”，換句話說，就是“無私”“無我”，純粹客觀主義、自然主義。