外國人似乎有個籠統的印象，那就是，西方用一個神奇的棒棒一點，就把我們從數百年的沉睡中喚醒了。然而，我們覺醒的真正起因來自內部。在1853年佩裏海軍準將抵達日本海岸之前，我們的民族意識就已經開始萌動，隻是在等候那一事件來啟動國家重新統一的運動。
三個不同的思想派別匯合在一起推動了日本獲得新生。第一個指導她進行探究，第二個訓導她付諸行動， 第三個教誨她為了什麽而行動。三個派別起源於涓涓細流，孕育於獨立思想家的孤寂心靈。他們在譴責聲中，通常是在流放中培育了這些思想。一些細流甚至是從監獄的高牆下流出，從絞刑架上涓滴下來的。它們藏匿在一排排保守主義植被中，幾乎不為人知，直至匯合在一起在席卷全國的愛國主義熱潮中噴湧而出。
第一個思想流派是古學派，在17世紀末為抗議官辦書院的教條講學而興起。它的創始者聲稱，那些書院教授的朱熹的新儒學並不是真正的儒家思想，隻是佛教和道教的新款闡釋。他們懇請學者們去閱讀孔子的原著，從中重新悟出儒學真正的含義。
考慮到朱熹的評注被奉為正宗，這是古學派采取的一個大膽的立場。自從11世紀宋朝的光明時期以來，這些評注的權威在中國和日本從未受到質疑。古學派首次把德川幕府時期的思想從形式主義束縛下解放出來，盡管它的自由主義傾向並沒有引導它得出確切的結論。
這種探究性態度使其無法對儒家思想做出明確的闡釋。它的一些信徒，如荻生徂徠[23]，竟然堅持說孔子純粹是一位政治哲學家，而不是倫理教育家。而另外一些人，像山鹿素行[24]，則認為日本的體製體現了孔子有關道德律的思想。在儒學基礎上擬定的武士法典就是山鹿素行的大作。然而，無論他們的結論如何的不同，他們都對德川時期的正統觀念提出了異議，都受到了當局的非難。擁有大量追隨者的山鹿素行被從江戶驅逐出去，發配到遙遠的無關緊要的封建領地赤穗。然而，就在他被軟禁在赤穗期間，他的人格魅力激發四十七位當時著名的浪人試圖展示他們令人難忘的忠誠。[25]這一事件不僅異乎尋常地揭示了新的武士道精神，也無言而雄辯地對德川幕府提出了抗議。