我們過去講《馬關條約》之後發生了公車上書，從史實上看，這種說法沒有問題。1895年《馬關條約》簽訂之前，李鴻章把條約的內容傳到北京，北京的知識界獲得這個消息後，就組織了一次上書請願。他們給皇帝寫信，通過督察院把信件遞上去。4月14日，李鴻章把中日談判中，日本提出的最後修正案和李鴻章給出的意見，用電報發到國內。談判的時候，清政府對這個條款有討論：哪些可以接受，哪些能夠再爭一爭？如果不能爭就拉倒，爭取盡早簽約，結束戰爭。
就在這個過程當中，北京的知識界策動了公車上書，公車上書主要針對的就是《馬關條約》的幾條條款：朝鮮問題不必說，賠款問題也沒什麽，打敗了賠款，這是近代戰爭天經地義的事；最不可接受的，是台灣的割讓。
這是引起當時公車上書的一個最重要的理由。在北京的台灣學子上書，聲淚俱下，好好的怎麽把我們的故鄉整沒了，我們不甘心被稱為日本的皇民。非台灣的舉子也在講，我們和台灣都是同胞，如果把台灣丟掉了，那可能會給中國未來的發展留下很大的隱患。在這樣一種狀況下，他們一而再再而三地上書，希望能夠拒絕《馬關條約》，再戰。這個思路體現在康有為起草的上清帝書當中，當時在上麵簽字的大概有1300人。
這份上書在康有為的整個上清帝書當中，按照完整的序列去排的話，應該叫上清帝第二書，主要針對的就是《馬關條約》中的割讓台灣這一條款。康有為認為台灣割讓，天下離心，市民渙散，中國危急。他建議皇上調整政策，首先要拒絕，不要在這個條件上簽字，拒絕日本的和平方案。我們今天從事後來思考他的這一建議，基本上是做不到的。他要做到這一條，就順勢提出了改革的訴求。