河南各地的土賊也乘勢擁起，如劉洪起據汝寧，韓甲第據許州，李際遇據登封，李好據裕州，劉鉉據襄城，“分轄各數百裏，擁眾各十餘萬”[113]。這些人的來曆一般是明末地方性的反叛武裝，後來同當地鄉紳勾結，蛻變成一種封建割據勢力。其中劉洪起兵力較強，他接受明朝的招撫，1644年春夏在河南發動叛亂，擒殺大順政權委派的地方官員，被大順政權綿侯袁宗第擊敗，率領殘部逃入湖北，托庇於明將左良玉麾下。其他土賊由於實力有限，在崇禎末期往往在明朝廷和李自成農民軍之間搖擺，哪方得勢就倒向哪方。大順軍西撤後，他們當中不少人立即起來反叛，“憤張旗幟直書‘殺賊報仇’四字”[114]。僅韓甲第就“擒偽官十有餘人”，顛覆了許州一帶的大順政權，但河南大順軍隨即發起反擊，在九月間將韓甲第剿殺。劉洪起也卷土重來，領兵直至永寧、杞縣一帶，與開封府推官陳潛夫一道為明朝收複“失地”，並在柳園（開封城北）擊敗大順軍陳德部（陳德乃陳永福之子，原為明將，後來又投降清朝）。弘光朝廷得報後，委任陳潛夫為巡按禦史，劉洪起為總兵官。不久，又任命張縉彥為河南總督，越其傑為河南巡撫（越其傑是馬士英的姻親）。
清廷方麵也在穩固對畿輔地區統治的同時，把勢力擴展到河南北部。七月，任命楊方興為河道總督，蘇弘祖為分巡河北道，申朝紀為分守河北道（按，明、清的河北道管轄範圍是河南省黃河以北的彰德府、衛輝府、懷慶府，同現在的河北省無關），羅繡錦為河南巡撫；[115]八月又任命祖可法為河南衛輝總兵官，金玉和為河南懷慶副將（不久提升為懷慶總兵）[116]。八九月間，清廷委任的文官武將先後到任，基本上控製了河南省黃河以北地區。