海因裏希三世執政期間，將其統治重心放在意大利，他雖然以基督教君主的身份掌控羅馬教會，然而卻疏忽了對德意誌境內地方貴族的防範，致使德意誌境內的封建諸侯有了擴大自身政治勢力的空間，與王權的矛盾凸顯出來，首先在洛林公爵領主權的問題上演化為公開的衝突。
奧托一世以來，洛林公爵的領主權一直在薩克森王室的掌控之中。959年，科隆的大主教布魯諾把洛林分為南北兩個部分，即上洛林和下洛林，以防止在政治上形成強大的反對勢力。1037年，洛林曾一度統一，並且有效地阻止了法蘭西的國王吞並洛林的企圖。1044年，洛林公爵戈策勒（GotzeleⅠ.，970—1044）逝世之後，海因裏希三世為避免對王權造成政治上的威脅，無意促成一個強大的洛林大公國，再次把洛林公爵領地一分為二，把上洛林分封給戈策勒公爵的長子戈特弗裏德（GottfriedⅡ.，965—1023），下洛林則分封給在政治上非常平庸的公爵的次子戈策勒二世（GotzeleⅡ.，1008—1046）。海因裏希三世的決定引起戈特弗裏德的強烈不滿，他於1044年末、1045年初以及1047年兩次舉兵嘩變，但都以失敗告終，海因裏希三世重新又掌控了洛林公國的局勢。逃亡的戈特弗裏德在意大利的中部和北部建立新的勢力範圍，成為抵抗德意誌皇權的反對派。
自919年以來，薩克森公爵家族把持著德意誌的王位長達一個世紀之久，該家族得到當地貴族的有力支持。1024年，法蘭克的薩利爾家族繼承德意誌的王位，薩克森貴族在德意誌王國內的政治影響逐漸減弱，與德意誌王室之間出現裂痕。然而，薩克森地區對於王室經濟的影響依然如故。這裏有王室莊園、王室的行宮宮廷，哈爾茨的茂盛森林和拉梅爾斯山脈的銀礦依然是王室不可缺少的經濟支柱。薩利爾王朝康拉德二世執政期間，啟用王室封臣經營和管理這些產業，逐漸剝奪薩克森貴族長期以來享有王室產業經濟利益的權利，以比隆家族為首的薩克森封建諸侯對德意誌王權的抵觸情緒越來越大。為了抑製比隆家族政治勢力的擴張，海因裏希三世於1043年任命圖林根的伯爵不萊梅的阿達爾貝特（Adalbert von Bremen，1000—1072）為漢堡不萊梅的大主教。教皇利奧九世授予他管轄12個主教區的教權，海因裏希三世給予他世俗伯爵所享有的各種權利。不僅如此，海因裏希三世還擴大哈爾伯施塔特和希爾德斯海姆兩個主教區主教的世俗權勢範圍，以此牽製薩克森貴族們的政治勢力。另一方麵，海因裏希三世加強對銀礦和森林資源的控製和管理，在經濟上鉗製比隆家族等貴族。海因裏希三世的一係列政策激起薩克森貴族的極大不滿，他們曾計劃謀殺海因裏希三世，隻是因為海因裏希三世突然去世而未付諸實施，但在薩克森地區已經形成的反對派對德意誌王權構成的威脅並沒有因此有所減小。