1555年後，路德教在神聖羅馬帝國南部和奧地利傳布，加爾文教在帝國西部傳布，天主教準備反抗和奪回地盤。勢力較大的各路諸侯也“為了真正宗教的緣故”，不斷擴張自己的地盤，對此，《奧格斯堡宗教和約》根本約束不了。不僅如此，和約規定本身也存在許多漏洞，極易引起新的爭論和衝突。
按照《奧格斯堡宗教和約》中的“教會保留”條款，某個教會諸侯一旦改宗福音教，就必須放棄他的教會職位，交出對於管轄區的統治權。這個規定保證了帝國教會原有的天主教性質，也保證了天主教選侯的多數地位；此時，天主教選侯有四人，福音教選侯有三人。福音教帝國等級最初之所以容忍了這個條款，大概是因為帝國總督、羅馬人國王費迪南一世發表了一個附加聲明，即所謂的“費迪南聲明”，保證教會邦國內的帝國等級、帝國城市居民和其他社團成員享有信仰自由，可以繼續信奉他們所選擇的宗教，也可以繼續居住在原地。然而，這個聲明沒有被收錄於帝國等級會議的正式決議之中，按照《奧格斯堡宗教和約》第28條的規定，此類附加聲明也是無法律效力的。另外，《奧格斯堡宗教和約》雖然承認改宗了福音教的帝國城市可以繼續擁有在1555年以前獲得的教會財產，對於帝國城市在1555年以後是否可以沒收教會財產卻沒有明確規定。同樣，《奧格斯堡宗教和約》隻適用於《奧格斯堡信綱》的擁護者，對於加爾文教徒的法律地位，和約也未有明確解釋。
福音教徒和天主教徒都從自身利益出發解釋1555年的和約。而在如何理解教會保留條款對信奉福音教的帝國等級和主教區福音教行政管理人員的約束力，如何理解費迪南聲明對帝國教會的約束力，是否允許邦國所屬教會機構和修道院世俗化，是否賦予帝國城市宗教改革權，是否承認加爾文教義等問題上，兩者產生了很大的意見分歧，並開展了激烈爭論。對於教會保留條款的爭論尤其激烈。如果把這一條款加以實施，福音教貴族通向教會諸侯的道路就被完全封死了；福音派主教要獲得皇帝的采邑和教皇的確認，必要時甚至作出“特倫托忠誠宣言”，這在政治上可以理解，從福音派立場出發不可想象，而天主教貴族則可以通過獨占這一特權獲得更大的利益。薩克森選侯、勃蘭登堡選侯以及霍爾施泰因、不倫瑞克、梅克倫堡和波莫瑞等地福音教派諸侯家族成員通過教士會選舉交替地占有了馬格德堡、不來梅、奧斯納布呂克、費爾登、明登、哈爾伯施塔特、呂貝克等主教管區連同直屬帝國的等級資格，但是信奉天主教的帝國等級卻拒絕他們在帝國等級會議上的席位和表決權。