遼東的局勢稍稍緩和後，萬曆帝又故態重現。
他依然不上朝。萬曆四十七年（1619）九月，首輔方從哲懇請萬曆帝能出禦文華殿，召見群臣，麵商遼東戰守方略，皇帝不予理會。吏部尚書趙煥甚至率朝廷百官跪在文華門，請求皇帝能視朝議政。方從哲則在仁德門跪著，等候消息。他們跪了整整一天，直到天黑前，萬曆帝才命一太監叫他們回去，上朝的事則免談。趙煥等失望至極，曾上疏責問萬曆帝：
“如果有朝一日薊門遭**，鐵騎踏京郊，陛下您是否還能在深宮內高枕無憂，稱病卻之呢？”
萬曆帝不僅不視朝，不批不發群臣奏章，而且他依然不肯出錢充遼東軍費。遼東餉絕，戶部又無銀，朝臣多次懇請萬曆帝能先從內庫借支應急，萬曆帝卻毫不鬆口。戶部尚書李汝華無奈之中，下令扣留當時廣東進解的一筆金花銀（例應入皇室內庫），充遼餉之用。萬曆帝得知後，大為震怒，罰李汝華俸祿一月，並要求他立即補足交入內庫，李汝華隻得照辦。
為了籌集遼餉，朝廷隻有加征。萬曆四十六年（1618）已加征過天下田賦。到萬曆四十七年（1619）十二月，朝廷又在前一次加征的基礎上，再次加征。至次年三月，又因遼餉不支，第三次加征。三年之內，加征三次，大大增加了天下的賦稅負擔。這對本已不景氣的農村經濟來說，無疑是雪上加霜。
萬曆四十八年（1620）七月，萬曆皇帝終於駕崩了，最終躺進了三十餘年前就造好的定陵。據說他在臨死前，很是後悔自己一生的所做所為，並要新帝為他蓋愆補過。現在看來，這很可能是朝廷大臣的傑作。他們借死人之口，用遺詔的名義，來對萬曆弊政做一些補救。他們在萬曆帝駕崩後的短短三天內，兩次動用內庫銀二百萬兩急充邊餉，並說這是萬曆帝臨終前的交待。事實上，一毛不拔的萬曆帝是不太可能這樣大方的，不過到這種時候，也由不得他了。