盡管逼死崇禎帝的是李自成，但最終建立起新王朝的是滿族人，即女真人。
在明王朝相當長的時期內，外族的威脅主要來自蒙古。遼東的滿族還基本上構不成威脅。出乎意料的是，恰恰是遼東的這一不起眼的民族，最終入主了中原，在明帝國的廢墟上建立起了強大的清帝國。
滿族的興起和強大，正是在萬曆朝。萬曆朝在遼東問題上的嚴重失策，以及萬曆朝中央政權的式微，是導致後來滿族入主中原的直接原因。
洪武初期，明朝不斷用兵東北，打擊北元殘餘勢力，設置遼東都指揮使司（簡稱遼東都司），以遼陽（今遼陽市）、廣寧（今遼寧北鎮縣城）、開元（今開元縣城北之老城鎮）為中心，下轄衛所，建立起以軍統政、軍政合一的體製。永樂年間，明朝又在黑龍江西來支流亨滾河（今在俄羅斯境內，名阿姆貢河）口對麵的奴爾幹，設立奴爾幹都司，以鎮撫女真等少數民族各部，護送朝貢。但至宣德（1426-1435）以後，奴爾幹都司已名存實亡。明朝在女真各部也廣設羈縻衛所，授其頭人、首領為都督、都指揮、指揮、千百戶、鎮撫等官職，由其各統其部，分而治之，互相牽製。
明廷在東北的做法，一方麵是想借適度的軍威保持對女真的彈壓之勢，另一方麵又通過授以官銜、給予貿易優惠（互市）等恩惠手段，來籠絡住女真各部的首領，並由此間接控製住其所屬各部。這一統治模式的關鍵，在於能否控製住女真首領。每年的冬天，明朝官軍往往借“燒荒”的名義，深入女真各部，接見各部首領，賞賜各種物品，讓他們在感受浩**皇恩的同時，誠心誠意地替天朝出力，護邊安疆。不難看出，明朝對女真各部的統治，能否有效維持，一方麵取決於朝廷派駐東北的長官能否熟練而有效地行使這套駕馭之術，另一方麵，也要取決於女真部落能否長期安於現狀，有沒有建功立業的遠大抱負。因此，其基礎是十分脆弱的。