萬曆帝選擇的辦法就是消極對抗，不與文官進行合作。
他從萬曆十三年（1585）起，就再也沒有踏出皇宮一步，直到他駕崩後被抬著去定陵，前後達三十餘年之久。
他雖是這個帝國的皇帝，卻不大想承擔他應承擔的責任和義務。他寧願待在宮中，與宮女、太監們廝混，喝酒作樂，醉生夢死，用自己的方式享受人生，也懶得理會宮外的文官，幾乎到了天塌下來他也可以不管的地步。
他幾乎不見朝臣，即使像首輔之類的文官首領也很難見到他。大臣的奏章大多“留中”，不做任何處理。甚至連帝國最神聖莊嚴的廟祀，萬曆帝也不親祭，而是派員代祭。帝國的政治中樞機構實際上處於半停頓狀態。
他的這種做法，自然引起了大臣的不滿，他們紛紛提出批評。萬曆十八年（1590）春正月，有一位名叫雒於仁的大理寺評判，上了一個措詞激烈的奏章，痛斥萬曆帝“聖體違和”的病因，就是酒色財氣：
“我在朝做官已一年有餘，僅朝見過皇上三次。此外隻聽說聖體違和，一切皆免。郊祀廟享，遣官代行，政事不親自處理，講筵也停止了很久。我知道陛下之病，是有病因的。我聽說嗜酒則腐腸，戀色則伐性，貪財則喪誌，尚氣則戕生……”
接著，這位大理寺評判一一列出萬曆帝嗜酒、戀色、貪財、尚氣的事實，毫無遮攔，淋漓盡致，把萬曆帝罵得是體無完膚，也罵出了當時不少大臣的心裏話。萬曆帝自然十分震怒，要嚴辦這位膽大妄為的評判。幸虧有申時行從中全力調和，這位評判才保住了性命。
首輔申時行的日子已越來越難過。盡管他竭力調停皇帝與文官之間的緊張關係，竭力維護文官間的信賴和團結，但這種做法已越來越不起作用。至萬曆十九年（1591），申時行最終因立儲問題而不得不離開相位。