萬曆帝終於大權獨攬了。
親政以後的萬曆帝，也未嚐不想有一番作為。他精神煥發，勵精圖治，儼然想成為一位臣民們理想的賢君。皇太後和張居正十餘年的嚴格教育，此時對他仍有一定的影響。他對臣僚的腐化感到憂慮，自己親自草擬手詔，禁止官員互贈。他對於各種禮儀也頗為重視。早朝、經筵也十分講究。他熱心參與各種典禮，充分顯示了自己的誠意；同時，還策勵臣工勤儉篤實。萬曆十三年（1585），萬曆帝為解決長期的旱災，曾十分努力地去履行祈雨的禮儀。在幹旱炎熱中，他親自步行去天壇祭天祈雨，同時也破例讓京師的臣民親眼目睹這位年輕萬歲爺的天顏。親政之後的短短幾年中，萬曆帝曾四次外出祭祀祖陵，不辭辛苦。因此，當時許多人都對這位年輕的皇帝寄予厚望。
張居正死後，上層文官班子作了重大調整，很快就形成了以首輔申時行為首的新內閣。申時行與張居正共過事，深知張居正為何在死後會落得如此慘局的真正原因。因此，他吸取了教訓，不求有功，但求無過。他一方麵與皇帝保持良好的君臣關係，另一方麵他也一改張居正嚴厲剛正的為政風格，扮演和事佬的角色，竭力維護文官集團的團結，協調朝廷方方麵麵的關係。在他看來，既然朝廷的製度無法作根本性的調整，那麽，隻有理順君臣關係，加強文官之間的合作和團結，同舟共濟，才能維持局麵。
也正因為如此，在萬曆親政後的最初幾年中，朝廷也沒出什麽大亂子，反而頗有些中興的新氣象。包括萬曆帝在內的許多人，在那時也都覺得，張居正死後，天也沒有塌下來。沒有張居正和他的那一套，大明朝的日子照樣一天天地過了下去，而且也似乎過得很不錯。想到這些，大家不由得鬆了一口氣，不少人甚至還暗暗慶幸：倒張算是倒對了！