張居正死時，萬曆皇帝已是近二十歲的青年了。在痛哭流涕之餘，萬曆皇帝隱隱約約也感到了些許的輕鬆。那位令人敬畏的張先生終於走了。
平心而論，萬曆皇帝早年的表現是令人滿意的。他比他的父親隆慶皇帝要聰穎得多。在母親慈聖太後和張居正的督察之下，萬曆帝接受了長期而又嚴格的正統教育，努力把自己培養成一個聖明的君主。盡管他偶爾也因醉酒、騎馬等行為而受到太後和張居正的批評，但總的來講，仍是個合乎傳統道德標準的年輕皇帝。而且在即位初期，他也一直為自己有張居正這樣的輔佐大臣而感到慶幸，並自然而然地在許多方麵以張居正為榜樣。
但在張居正死後不久，萬曆帝逐漸聽到了不少他原先根本無法聽到的言論。張居正的對立派開始試探性地放出風聲，旁敲側擊地把張居正的種種“罪行”揭露了出來，醜化其形象。萬曆帝也在不知不覺中受到影響，原先那位令人敬佩的“張先生”的形象，已逐步在腦海中消失，代之而來的是欺君毒民、接受賄賂、賣官鬻爵、任人唯親、放縱奴仆、淩辱縉紳的奸臣形象。
馮保家產的籍沒，似乎已使萬曆帝確信了外麵對張居正的閑言。馮保官至司禮監秉筆太監，長期與萬曆帝生活在一起，深得寵信。他與張居正的關係也相當密切。馮保家中被抄出財物之多之精，大大出乎萬曆帝的意料。既然太監馮保尚且能積下如此財物，那麽萬曆帝自然有理由相信，張居正的家產肯定是一筆天文數字。聯想到張居正生前對他的那種道貌岸然式的嚴厲教育，以及由此而受的委屈和羞辱，萬曆帝當時的心境是不難想象的。他決定對張居正進行清算。
清算是逐步進行的。張居正首先被剝奪了生前所獲的太師頭銜，幾個兒子的官職自然也被罷免。萬曆十二年（1584），萬曆帝決定查抄張居正的家產。聖旨一到湖廣，地方便立即派員封鎖張府，任何人員不得出入，以等待欽差大臣前來查封。此舉本是防止張家暗中轉移財產，沒想到欽差卻姍姍來遲，以致張府中糧薪不濟，餓死了不少人。