要說到袁崇煥的冤案，就須追述一下天啟朝以及崇禎帝即位前後的遼東形勢和人事變動。
天啟二年（1622）正月，努爾哈赤突然率兵反擊明軍。當時，遼東經略熊廷弼（天啟元年六月複出任此職）和廣寧巡撫王化貞（天啟元年五月由參議升任）關係不和。王化貞憑著首輔葉向高、兵部尚書張鶴鳴等人的支持，不聽熊廷弼調度，力主全線反擊，**平建州，並先後幾次組織軍事行動，但都勞而無功。努爾哈赤卻在精心準備後打了王化貞一個措手不及。
努爾哈赤此次西擊，先攻下西平堡，然後擊敗明軍援軍，占領了重鎮廣寧及遠近四十餘座城鎮。熊廷弼、王化貞竟率軍全線潰退，棄關外之地而不顧。關西蒙古人喀爾沁諸部乘機占領關外五城七十二堡。
熊廷弼、王化貞被下獄論罪。後來魏忠賢利用熊廷弼，大殺東林黨人。最後熊廷弼被梟首九邊。直到崇禎初韓鑛為相時，熊廷弼的兒子還向朝廷吵著要他父親的腦袋，以便回老家安葬。
熊廷弼被逮之後，王在晉任遼東經略。當時山海關外之地，盡被蒙古喀爾沁諸部控製，經略王在晉和薊遼總督王象乾主張利用這些蒙古人守關外之地，作為官軍與努爾哈赤之間的緩衝帶。為此，他們請朝廷發給蒙古人糧餉，予以正式確認。同時，他們又主張在山海關外的八裏鋪修築重城，駐兵四萬等等。
這時，有位名叫袁崇煥的寧前兵備僉事提出了不同意見，顯示出他獨到的軍事戰略眼光。
袁崇煥，廣東東莞人（一說祖籍東莞，至袁崇煥時已遷居廣西藤縣），萬曆四十七年（1619）進士，曾任福建邵武知縣。天啟二年（1622），袁崇煥被監察禦史侯恂推薦到兵部，破格擔任職方主事。侯恂就是“明末四公子”之一侯方域（朝宗）的父親，有東林色彩，後在鎮壓明末農民軍的戰爭中被委以重任，提拔過名將左良玉，兵敗後曾被逮捕入獄，後獲釋。後世對此人爭議頗大，說法很多。不過在天啟初，侯恂還是一位受人尊敬的東林官員。