麵對朝廷的凶狠之勢，農民軍又是如何應對呢？
殺入河南的農民軍，到處出擊。一部自河南府的嵩縣（今嵩縣）殺到汝寧府的郟縣（今郟縣），再進入開封府的禹縣（今禹縣），圍攻密縣，後又放棄，撤圍而去。進入汝寧府的農民軍，圍攻信陽州城失利後，又退而南下，攻湖廣的孝感、應山。蠍子塊的農民軍數萬人圍攻潁州，大敗官軍於瓦店集，俘虜總兵張全昌。然後揮兵南下，一路殺到湖廣境內的蘄、黃地區，經宿鬆進犯南直隸安慶府境，進攻潛山、太湖。另一支部隊則殺人廬州府，犯英山、霍山，進擾舒城。
張獻忠部似乎留在了河南西部地區。
留在陝西的高迎祥、李自成部也東西出擊。高迎祥率部西掠，進攻武功、扶風，圍扶風城一個月而未下，待朝廷援兵至，主動撤出。李自成則東擊，攻富平、三原以東。十月，李自成與官軍總兵左光先、王世欽和副將曹變蛟大戰於高陵。
此間，李自成部發生了一點小插曲，給李自成惹下了麻煩。
當官軍與李自成部在醴泉相持時，李自成手下的得力幹將高傑，竟投降了官軍。據說，高傑也是米脂人，深得李自成寵信。而李自成妻邢氏則驕武多智，掌軍資，負責分支糧仗。不想日久生情，兩人私通。至此，高傑擔心事情敗露，難逃劫運，便挾持邢氏叛降官軍，給李自成帶來了不少麻煩。
高傑之叛，使洪承疇大喜過望。洪承疇親自追剿李自成，大戰於渭南、臨潼。李自成屢敗之後，向東撤逃。
此時高迎祥也受官軍壓迫，不斷東撤，經華陰山中，與李自成會合。然後合力東擊，攻破河南盧氏縣境內的朱陽關，於十一月份與張獻忠等部合營於靈寶。不過，也有人說，李自成根本就沒出過陝西。
合營諸部隨即猛攻閿鄉，擊敗左良玉、祖寬部，進而攻陷陝州，並東擊洛陽。