1862年 2月17日，生於石見國(現為島根縣)鹿足郡津和野町。祖上曆代為藩主侍醫。父森靜男，曾在長崎學過西醫；鷗外是其長子，本名林太郎，號鷗外漁史、觀潮樓主人。
1867年 11月，開蒙，學《論語》，繼而學《孟子》。
1869年 入藩辦學校養老館學四書，通讀五經，隨後學《左傳》《國語》《史記》《漢書》等。並隨父及藩醫學習荷蘭文典。兩年後，明治政府廢藩設縣，關閉養老館。在養老館就學期間，成績優秀。
1872年 6月22日，隨父陪同舊藩主北上東京。為學德文，進入文學社，下榻啟蒙思想家西調府邸。
1874年 1月，入第一大學區醫學校預科(後改名為東京大學醫學部)，因年齡太小而虛報兩歲。
森鷗外出生地，位於島根縣津和野町
1880年 由宿舍搬至上條公寓。學寫漢詩與和歌。
1881年 3月，上條公寓發生火災。春，患肋膜炎。由東京大學醫學部畢業。二十三人中，名列第八。12月，進陸軍，被任命為陸軍軍醫副(相當於中尉)，分至東京陸軍病院科。
1884年 6月7日，奉命留學德國，研究衛生學。8月24日，由橫濱出港。10月11日，抵達柏林，當天日記寫道：“達德國歌倫。餘解德國語。來此。得免聾啞之病。可謂快矣。”隨即去萊比錫大學進修。
1885年 1月，用漢文譯出豪夫童話《俠盜行》，發表於《東洋學藝雜誌》。2月，用德文撰寫《論日本士兵飲食》《論日本居室建築》。5月，晉升為陸軍一等軍醫，正七位。前往德累斯頓，參觀搶救傷兵演習。8—9月，參加德國第十二軍團演習，日後以此經曆寫出“留德三部曲”中的《信使》。10月，轉至德累斯頓進修。
1886年 1月1日，前往皇宮，出席新年典禮，向阿爾伯特國王拜年。1月11日，出席法布利斯伯爵夫人晚會。2月10日，在宮廷舞會上，與畢勞伯爵小姐伊達重逢。3月，轉至慕尼黑進修。結識留德畫家原田直二郎，是為《泡沫記》男主人公的原型。6月13日，巴伐利亞國王路德維希二世於維爾姆湖(施塔恩貝格湖，小說《泡沫記》故事發生的舞台)溺水身亡。6月27日，曾去遊湖憑吊。9月3日—18日，於施塔恩貝格湖避暑。