1794年5月下旬，在眾議院調查委員會為漢密爾頓洗脫嫌疑之後，因預感戰爭即將爆發，漢密爾頓告知華盛頓自己暫時不會辭職。最終，他確實參加了戰爭，但不是與歐洲強國開戰，而是對付美國邊疆的拓殖者。那年賓夕法尼亞西部的“威士忌叛亂（Whiskey Rebellion）”是一場反對征收國內蒸餾酒精消費稅——俗稱“威士忌稅”——的武裝反抗，該稅種的頒布是漢密爾頓債務融資計劃的組成部分。威士忌稅可以稱作美國曆史上第一項“罪孽稅”，因為漢密爾頓曾在《聯邦黨人文集》第十二篇批評說：“可能再沒有一種東西像烈酒一樣，給國家造成這麽大的浪費。”[1]
威士忌稅注定是不受歡迎的，必然讓美國人聯想到《印花稅法案》以及可憎的英國稅收征收製度。然而，這個稅種構成了聯邦收入的第二大來源，漢密爾頓是決不會放棄的。如果取消了這一至關重要的稅種，他就必須提高關稅，從而可能造成更多的走私和逃稅行為，刺激國外的貿易報複。政府還需要軍費用於征服印第安人，在受到威士忌稅影響的邊疆地區，如賓夕法尼亞州西部，這些軍事行動尤其活躍。
威士忌稅獲得通過後不久，聯邦征稅員處於人人喊打的境地，還被塗上焦油，粘上羽毛，蒙住眼睛，遭到鞭打。1792年5月，漢密爾頓試圖通過降低稅率來安撫反叛者，但收效甚微。那年夏天，菲利普·費雷諾印刷了極具煽動力的信件，把漢密爾頓征收的稅種比作在英國統治下獨斷妄為的苛捐雜稅：“美國政府諸事都想模仿大不列顛宮廷的腐敗規則，從征消費稅開始了其可恥的道路。”[2]1792年8月，漢密爾頓最不願意看到的暴民統治噩夢成為現實，抗議者用恐怖手段威脅威廉·福克納上尉（Captain William Faulkner），因為他把房子租給了威士忌稅檢查員約翰·內維爾上校（Colonel John Neville）。漢密爾頓接到關於這起事件的令人毛骨悚然的報告：“他們手持餐刀逼近福克納，威脅說如果他不能發下毒誓，保證這裏不再是檢查辦公室駐地的話，就會剝掉他的頭皮，給他塗上焦油、粘上羽毛，最後還要把他的房子和財產都化為灰燼。”[3]第二天，30個騎在馬背上的武裝分子塗黑了臉，闖進福克納的房子裏，想要抓住內維爾並殺死他。