傑斐遜離開內閣後，華盛頓並沒有著手清理共和黨人。相反，以團結統一為主導思想的總統先生看中了最顯赫的國會共和黨人詹姆斯·麥迪遜，將其作為接任國務卿的第一人選。直到麥迪遜拒絕任職之後，華盛頓才委任了司法部長埃德蒙·倫道夫，後者的原職由費城的威廉·布拉德福德接任。這一係列動作並沒有消除傑斐遜和麥迪遜的不滿，華盛頓被指責是詭計多端的聯邦黨人的俘虜。
傑斐遜通過麥迪遜維持著在國會的影響力。啟程離開的前夜，傑斐遜向眾議院提交了一份關於歐洲對美貿易政策的長篇報告。他展開了長篇累牘的控訴——從對橫渡大西洋的航運業不公平的支配地位到對來自英屬西印度群島的美國船隻的禁令——來支持自己認為英國歧視對待美國貿易的觀點。根據這些證據，傑斐遜倡議對相關的英國方麵實施商業報複，另一毫不令人驚奇的倡議是同時擴大與法國的貿易關係。
1794年1月3日，麥迪遜提出了七項國會決議，把傑斐遜的主要思想升級為一套強硬的抵製英國的貿易政策。十天以後，聯邦黨人威廉·勞頓·史密斯為駁斥麥迪遜，發表了一篇15000字的有說服力的演講，巧妙地粉碎了他的論點。史密斯指出，對於美國而言，中斷與一個構成其貿易份額絕大部分的國家的貿易關係，無異於自取滅亡。傑斐遜瀏覽了史密斯的講話稿，立即明白這是他的老對頭發起的反攻。“對於誰是史密斯講話稿的作者，我有十足的把握，”他告訴麥迪遜，“除了序言部分，其餘每一個字都是漢密爾頓寫的。”[1]
作為對麥迪遜鞏固對法關係的企圖的回應，漢密爾頓啟用了久經考驗的老辦法。他用“阿默裏納斯（Americanus）”的筆名在報紙上發表了兩篇關於法國大革命之恐怖的激昂評論。他譴責那些為“正在法國上演的恐怖和令人厭惡的場景”辯護的人，並把馬拉和羅伯斯庇爾稱為“手上沾滿同胞鮮血的劊子手”。早在拿破侖·波拿巴（Napoléon Bonaparte）出場之前，漢密爾頓就預言，經過“血雨腥風的艱難跋涉……最後，法國可能發現自己淪為大獲全勝的……新愷撒的奴隸”。[2]