1793年8月，正當華盛頓在思量公民惹內何去何從的時候，費城陷入了一種遠比法國公使更讓人擔憂的威脅之中。一些居住在碼頭附近的居民生病了，並且伴隨著讓人驚駭的症狀：全身抽搐、肌肉疼痛、眼睛發紅的患者從腹腔中嘔吐出帶血的黑乎乎的東西，他們的皮膚變成黃疸病人常見的膚色。黃熱病——迄今為止這個年輕的國度遭受過的最嚴重的危機——的傳播可以找到很多源頭。那年這種疾病在西印度群島肆虐橫行，可能是聖多明各奴隸起義後大量的難民湧入了費城；異常炎熱幹燥的夏天也可能助長了這種疾病的傳播；在市鎮的許多地方，公共衛生條件糟糕透頂，許多居民把垃圾傾倒在惡臭熏天流通不暢的水溝裏，喝著從被戶外廁所汙染了的水井裏取出來的水。
截至8月底，每天大約有20人因為這種流行病停止了呼吸，據說總共有4000多人死於非命，這造成了政府和商業徹底歇業。棺材商在市政廳前麵叫賣著他們的產品。人們並不知道這種疾病是通過蚊子傳播的，隻是以為跟患者接觸就能致病。人們見麵不再握手了，走路的時候堅持在路中間走以免碰上其他行人。一些人用醋浸泡過的手巾捂住鼻子，還有一些人嚼著大蒜，難聞的味道幾米以外都能聞到。最穩妥的辦法是逃離這個城市，有兩萬人就是這麽做的，其中也包括一些政府雇員。到9月初的時候，漢密爾頓的財政部中有六人，海關部門中有七人感染了這種疾病，另外還有三個郵局的雇員也感染了。
這個城市最有名的醫生就是意誌堅定的本傑明·拉什——用約翰·亞當斯的話來說就是“一個樂觀向上、一表人才的小夥子”——他在這次瘟疫中幾乎徹夜不眠，勇敢地挨家挨戶出診，無論貧富一視同仁。[1]在滿載著成堆的屍體的馬車輪子壓過鵝卵石道路時，車夫會高聲喊道：“把你們家的死人抬出來吧！”在這種情形下，需要多大的毅力和勇氣呢？[2]拉什在受瘟疫影響的房屋的外牆上貼上了警示標記。為了治療黃熱病，拉什采取了現在聽上去比較野蠻的方法：給患者放血，然後清洗幹淨腸道，這看起來是一個觸目驚心的過程。他在放掉400毫升血液以降低脈搏之前，用一種飲劑和灌腸劑混合起來的膠狀物反複衝洗患者的腸道4到5次。為了取得好的效果，他還給病人輕微地催吐。這樣的療程一天要重複2到3次。拉什是一個極有膽量的人，然而，他是在拯救生命，還是在削弱病人的自然抵抗力從而加速其死亡，則有待商榷。