傑斐遜總統在民眾中的聲望進一步提升，加深了漢密爾頓的悲觀情緒。受到眾議院和參議院中的共和黨大多數的支持，傑斐遜執掌著一個令其兩位前任都會豔羨的團結一致的政府。幸得華盛頓和漢密爾頓，美國經濟進入繁榮發展期。多虧亞當斯，美法“準戰爭”成為了回憶。繼承了國內繁榮、國際和平的傑斐遜，享受著異乎尋常的好運，美國自獨立革命後第一次真正穩定下來。
傑斐遜采取了遁世離群的執政風格。他幾乎從不演講，大部分時間用信函和內閣官員交流。但是，他每天騎在馬背上穿過華盛頓，美化他的平民主義者的形象。“他沒有舉行正式招待會的日子，從不進行任何慶祝活動，經常看到他身著便裝，有時是穿著拖鞋接見客人，大多數時候平易近人，與至高無上的民眾形同兄弟。”羅伯特·特魯普說。[1]傑斐遜培養了與普通民眾之間的友好關係，漢密爾頓卻始終無法擺脫那些過時的家長製政治觀點。聯邦黨人隻同教養良好的紳士接觸，卻發現他們在曆史出現分水嶺時選錯了路，對桀驁不馴的平民大眾而言，共和黨人更有吸引力。
看到傑斐遜獲勝，漢密爾頓猜想自己的成就將很快遭到蔑視或被人遺忘。共和黨記者詹姆斯·奇塔姆又老調重彈，翻起了舊賬，說漢密爾頓在製憲會議上曾鼓吹君主製。漢密爾頓被迫再次對這種欺世之論做出反擊，他在1802年2月給古維內爾·莫裏斯寫了一封膾炙人口的信：
我的命運真的很奇怪，也許全美國無人能比我為現行憲法做出的犧牲和貢獻更大。與我對它的運數預期相反，正如你從一開始就知道的，我仍在拚命支撐這個脆弱“卑微的構架”。然而，有時我發出的小牢騷，根本無法與它的反對者對我的咒罵相比。麵對此情此景，我除了從舞台上徹底退出之外，還能做什麽呢？我越來越相信，這個美國人的世界不是給我準備的。[2]