1555年，查理五世遜位，腓力王子登上西班牙王位。作為西班牙國王，腓力二世接管了一個幅員遼闊的世界帝國，其版圖覆蓋了包括新大陸殖民地、低地國家、弗朗什·孔泰大區（勃艮第郡）、那不勒斯、西西裏島、米蘭、巴利阿裏群島以及撒丁島在內的廣闊地域。除了廣袤無垠的領土，腓力還從父親身上繼承了守護與傳播天主教信仰的堅定信念，並將這種信念視為哈布斯堡王朝的首要職責。在這種光榮夢想的召喚下，腓力下令在馬德裏郊外興建埃斯科裏亞爾宮殿群。這項浩大的工程不僅寄托了腓力二世對父親的緬懷之情，也承載著哈布斯堡王朝神聖的宗教使命。工匠們專門為查理五世和葡萄牙的伊莎貝拉修建了一座帶穹頂的地宮，隨後擴建為皇室專用寢陵。腓力二世將他的姑媽，匈牙利的瑪麗王後，以及自己四位妻子中三位（他的第二任妻子，瑪麗·都鐸被安葬在威斯敏斯特修道院）的遺骨悉數移葬此處。為了凸顯埃斯科裏亞爾宮殿群與哈布斯堡帝國間的無形紐帶，宮殿圍牆的四角采用了尖塔結構，以致敬哈布斯堡維也納舊宮的建築風格。當時野心勃勃的設計者還試圖在這座宮牆環繞的龐大建築群中再現所羅門神廟威嚴肅穆的外觀，並大量采用格狀建築元素，以紀念被尊為埃斯科裏亞爾守護神的聖羅倫索，3世紀時這位聖徒就是在類似的長格烤架上英勇殉道的。
埃斯科裏亞爾建築群與傳統意義上的皇室寢宮和陵園有所不同。在這片約由4000間房屋、16處庭院和160千米（100英裏）回廊構成的龐大宮殿群中，僅有四分之一的建築供皇室起居使用。剩餘部分包含一間皇家大教堂、一座容納了50位僧侶的修道院，以及一所小型學校。腓力二世的聖物博物館成了整棟建築神聖不可侵犯的象征，這裏共存放著7422件藏品。除真十字架和耶穌荊冕殘片外，藏品還包括12具完整的聖徒遺體、144顆頭顱以及超過3500位烈士的聖體殘骸。站在臥室中，腓力二世可以透過窗戶看到教堂聖壇，在那裏幾乎晝夜不停地進行著超度已故皇室宗親的彌撒聖祭。作為西班牙哈布斯堡王朝的皇室祈禱場所，埃斯科裏亞爾宮殿可謂實至名歸。