1224年西園寺家·修建北山第
西園寺家是日本著名貴族藤原氏的一個分支。平安時代末期(1200年左右)西園寺公經成為日本的攝政大臣。1224年，西園寺公經掌權期間為了彰顯自己的權勢，在京都北部的北山附近修建了奢華的北山第。據說其中有高達15米的瀑布和琉璃翠玉般的水池，被當時的人稱為“地上仙境，此岸淨土”。
1420年足利義滿·鹿苑寺開山
隨著西園寺家權勢的衰退，北山第也逐漸荒廢。1394年，日本室町幕府第三代將軍足利義滿成為北山第的新主人，並進行了大規模的改建。改建後，其規模和豪華程度遠勝皇宮，因此被當時的人稱為“北山殿”。足利義滿39歲時，把將軍之位禪讓給自己年僅9歲的兒子，出家為僧。義滿死後，北山第在1420年被改為禪寺，並根據足利義滿的法號“鹿苑院殿”命名為“鹿苑寺”。
1467—1477年應仁之亂·第一次被燒毀
日本室町幕府第八代將軍足利義政執政期間，日本爆發了一次大規模的內亂，史稱應仁之亂。這次事件也標誌著日本戰國時代的開啟。在這次動亂中，京都的許多禪寺都被燒毀了，其中也包括金閣寺。隻有舍利殿、不動堂和護摩堂三棟建築幸免於難。
江戶時代重建
日本著名高僧西笑承兌受德川家康之命，出任鹿苑寺的住持。西笑承兌曾先後擔任豐臣秀吉和德川家康兩人的顧問，深受信賴，極有權勢，被當時的人稱為“黑衣宰相”。此後，金閣寺也一改往日頹敗的樣子。如今金閣寺中的許多建築，如庫裏、方丈等，都是在西笑承兌的主持下修建的。在這之後，舍利殿也在1649年重新大修。
明治時代解體維修
明治維新之後，大部分寺院的領地被收回，失去了經濟基礎。明治二十七年(1894年)，當時的住持提出將庭院及金閣麵向一般大眾開放，以參拜費作為寺院收入，才使其得以保留。明治三十七年到三十九年間(1904—1906年)金閣寺進行解體維修。