那時的學術文化，卻漸漸與政治事業宣告脫節。
江、浙一帶，本為南宋以下全國經濟文化最高的結集點，亦卽是淸初以來對滿淸政權反抗思想最流行的所在。
他們以鄙視滿淸政權之故，而無形中影響到鄙視科舉。在明季將次覆亡時，已有一輩學者感覺科舉之可鄙賤，無實用。又因鄙視科舉之故，而無形中影響到鄙視朝廷科舉所指定的古經籍之訓釋與義訓。
因此宋、元、明三代沿襲下來對於古經籍的義訓，一致為江、浙新學風所排斥。亦有因激於亂亡之慘，而猛烈攻擊傳統學風者，如顧炎武之於王守仁，顏習齋之兼及程、朱等。（時蘇州有唐甄，其議論態度與顏相似，可見不論南北，皆激於時變而然。）因有所謂「漢學」與「宋學」之目。「宋學」的後麵，是朝廷之功令，為科舉取士之標準。
當時江、浙學者間，有不應科舉以家傳經訓為名高者。如吳學領袖惠棟，其家四世傳經。其第一代名有聲，字樸庵，明歲貢生。明亡，即足跡不入城市，與徐枋為莫逆交。其子周惕，孫士奇，曾孫即棟，治經皆尊漢儒，遂有「漢學」之稱。亦有一涉科第，稍經仕宦，卽脫身而去，不再留戀者。如錢大昕、全祖望等，此輩已到乾隆時代，與遺民漸無交涉矣。要之，在淸代這一輩學者間，實遠有其極濃厚的反朝廷、反功令的傳統風氣，導源於明遺民，而彼輩或不自知。
所以他們反朝廷、反功令的思想不至露痕跡者，一因順、康、雍、乾歷朝文字獄之慘酷，使學者間絕口不談朝政時事。
淸臣不敢自刻奏議，恐以得罪。淸代亦無好奏議。又不敢記載當代名臣言行。如尹嘉銓即以著名臣言行錄遇禍。乾隆八年，杭大宗以進士應禦史試，偶及朝廷用人不宜分滿、漢畛域，即遭嚴譴，幾至不測。放還終身，更不錄用。全祖望與杭略同時，著書刻意收羅鄉邦宋、明遺民，此其意態之有所鬱結，極可想像得之。