清代思想，是一種曆史的反省，是一種綜合的批評。他們對以往思想界，指摘疵病，動中竅要。但他們為時代所限，都是異軍突起。除掉古經籍之考證訓詁一途外，絕少能遞有繼承，蔚成風氣的。船山思想最為博大精深，但亦及身而絕，沒有傳人。
船山極推尊橫渠與朱子，但船山思想之精深處，在能注重到人文演進之大曆程，在能根據個人心性而推演出人文繁變。由“心學”轉到“史學”，此是由宋明重歸先秦一大節目。他反對形上為道、形下為器之傳統見解。他說：
天下惟器而已。苟有其器，豈患無道？洪荒無揖讓之道。唐、虞無吊伐之道。漢、唐無今日之道。則今曰無他年之道。未有弓矢，無射道。未有車馬，無禦道。未有牢醴璧幣鍾磬管弦，則無禮樂之道。未有子，無父道。未有弟，無兄道。故無其器則無其道。如舍此而求諸未有器之先，亙古今，通萬變，窮天地人物而不能為之名，況得有其實乎？（《周易外傳》卷五）
道家言虛，釋氏言寂，往往喜歡推衍到宇宙人生開始之前。但船山謂他們言虛寂，仍逃不掉是器之虛寂。脫離了器，連虛寂的觀念也不可得。有器則必有用，船山本此推演，來反對傳統的體用觀念。他說：
天下之用，皆其有者也。吾從其用而知其體之有，豈待疑哉？故善言道者，由用以得體。不善言道者，妄立一體而消用以從之。乘其聰明之變，施丹堊於空虛，而強命之曰體，何如求之感而遂通者，日觀化而漸得其原也。故執孫子而問其祖考，則本支不亂，過宗廟墟墓，而孫子之名氏其有能億中之者哉。（《周易外傳》卷二）
宇宙間一切原理，人生間一切法則，據史學、科學立場，應該從當前實有可見之現象，逐漸向前推溯，此即船山所謂“日觀化而漸得其原”，亦即所謂“由用以得體”。但照宗教、哲學的思維慣例，則他們總愛憑空先構成一大理論，其實則是一大幻想。而把此後種種現實變化，勉強附會牽合。不合的，則加以排拒與蔑棄。此即船山所謂“施丹堊於空虛”，“妄立一體而消用以歸之”。船山這一剖辨，是純粹思想方法上的剖辨。依照船山論點，自能引人更注意到當前的與向後的，而較少注意其開頭處與原始處。