8月18日政變與下關戰爭
尊攘派由於薩、長兩藩實行攘夷，聲勢大振。長州藩策動各藩誌士浪人聯係皇室公卿，迫使朝廷親征外夷，壓製反對者。於是朝廷於1863年8月13日宣布孝明天皇將到奈良參拜神武天皇陵，召開軍事會議後祈禱攘夷。但孝明天皇仍傾向公武合體派。他表示：“權力下移，終至顛覆治國之基，朕深憂之。”[313]1863年8月，他和上層公卿串通幕府和薩摩、會津的藩士，發動了“8月18日政變”[314]，尊攘派毫無準備，措手不及。長州藩的久阪玄瑞、桂小五郎（木戶孝允）和土佐藩的土方允元等，偕同三條實美等開明派公卿7人逃出京都，退往長州。尊攘派勢力被清除出京都。[315]
各藩尊攘派武士豪農紛紛起義，[316]但因沒有取得廣大民眾支持，被幕府鎮壓。1863年12月，天皇任命公武合體派大名一橋慶喜、鬆平慶永、鬆平容保、山內容堂、伊達忠誠、島津久光為參預，組成參預會議，共議國策，公武合體派控製了中央政局。[317]政變後，各藩的尊攘運動也遭挫折。土佐藩士武市瑞山等被前藩主山內容堂逮捕入獄，並在1863年5月令其切腹。土佐勤王黨的其他人員阪本龍馬和中岡慎太郎被迫逃離本藩。長州藩保守派卷土重來，控製了藩政，1863年底，下令限製“諸隊”人數，禁止農兵隊訓練。聚集在長州的藩內外尊攘派急於扭轉頹勢，1864年6月，久留米神官出身的真木和泉及久阪玄瑞不顧高杉晉作等人反對，帶兵前往京都。7月19日進攻宮廷，在右蛤禦門（皇宮西門）被鬆平容保（幕府京都守護）指揮的會津、薩摩兩藩兵擊敗，真木及久阪自殺（“禁門之變”）。至此尊攘運動事實上已經終結，中央和各藩的政局表麵上都受公武合體派控製。
由於“禁門之變”，長州藩和尊攘派被視為叛逆。1864年7月，天皇下令幕府征伐長州藩。幕府糾集中國、四國、九州的35藩兵力，準備粉碎反幕勢力的基地。英國殖民主義者決定利用這一機會對1863年5月長州炮擊外船的行動實行報複，克服尊攘派阻撓對日貿易的難局，並奪取新的權益。英國於1864年8月5日聯合美、法、荷艦隊，以戰艦17艘、炮288門、兵5000餘，大舉進攻關門海峽。奇兵隊和人民英勇抗戰，但藩政府喪失鬥誌，四國艦隊僅3天就攻陷下關（“下關戰爭”）。8月13日長州藩被迫接受和議：（1）優待並供應通航海峽的外國船隻；（2）不準修複和新建海峽炮台；（3）賠償聯軍戰費和火燒下關市區的代價300萬美元，但應由發出攘夷命令的幕府負擔。[318]下關戰爭的結果，迫使日本對外政策從攘夷轉向開國。