“8月18日政變”和以後一係列事件證實了久阪玄瑞在1862年的預言——“諸侯不足恃，公家不足恃”[320]，使尊攘派認識到，依賴保守庸愚的天皇攘夷是不行的。尤其在同殖民主義者直接交鋒後，更了解到不根本推翻腐朽的幕藩體製，擺脫封建束縛，發展先進科學技術，建立富強的近代民族國家，絕不能克服民族危機，隻有倒幕才是挽救日本的先決條件。以後，尊攘派以中國在鴉片戰爭後，因積弱而被列強宰割作為教訓，決定奮起自強。自強首先要振興工商業，實行開國，擴大對外貿易，以集中政治軍事資金。支持尊攘派的西南豪農富商在開港後企圖發展獨立自主的經濟，也要求放棄盲目排外政策。在此以前，尊攘派為攘夷而尊王，攘夷是中心口號。到了此時，根本戰略應由攘夷轉為倒幕，並為倒幕而要求開國，於是放棄了攘夷論。就這樣，尊攘派變成了倒幕派。這是幕末政治鬥爭形勢的第二次轉變。
隨著人民反封建鬥爭的高漲，倒幕派下級武士在包括地主富商等階層的革新勢力中樹立了更堅實的領導權。他們已不再僅僅依靠“草莽崛起”，而致力於依托西南各藩的“割據富強”，壯大倒幕實力。
倒幕派首先控製了長州藩，和上層豪農商結成同盟，通過他們，動員群眾，組織到人民武裝（諸隊）中來。1864年12月，高杉晉作等潛返下關，指揮伊藤博文等率領的諸隊，發動了奪取藩保守派權力的內戰。瀨戶內海沿岸的豪農商支持新軍的鬥爭，抵製保守派解散諸隊的命令。小郡農兵隊創建者豪商秋本新藏鼓勵高杉晉作和兼重讓藏說：“假若你們的部下不能取勝，新藏就發動農民起義，來恢複國家（指藩），無論出現任何事情，請兼重先生都不必顧及。”[321]像這樣的草莽誌士（豪農商、村長、教師、僧侶、神官等）在各地發揮了很大的宣傳動員作用。他們犧牲一切，為愛國倒幕組織各種民兵隊，參加到新軍裏來。慶應元年（1865）2月，倒幕派獲勝，重掌長州藩權力。