薩長兩藩為爭奪全國政局的領導，曾存在尖銳矛盾。後來形勢改變，兩藩處境和認識漸趨一致，因而采取了相似的內外政策，關係逐步接近。在第一次征長戰爭時，擔任幕軍征長參謀的西鄉隆盛，對幕府持異議，力主撤回征長軍，從輕處理長州藩，邁開了薩長接近的第一步。1865年1月，薩長為對抗幕府獨占外貿，恢複了中斷的兩藩貿易，聯合對抗幕府。在加強薩長合作方麵，發揮重大作用的是土佐藩的倒幕派阪本龍馬[337]和中岡慎太郎[338]。經兩人斡旋，1866年1月，長州的木戶孝允和薩摩的西鄉隆盛、小鬆帶刀，在京都達成締結薩長軍事同盟條約六條。密約規定在幕府第二次征討長州時，薩藩要協助長藩，並共同舉兵反幕。[339]
這時全國各地農民為反對再次征長紛紛起義，各大城市搗毀運動高漲。7月薩摩藩主島津忠義用父親久光名義，向關白遞呈長文意見書，要求處長藩以寬典，迅息兵端，以緩爭亂紛崩之局。還提出秉“公議正論”，“變革政體”，加強軍備，以成“中興大業”等意見。[340]自此，薩長聯係依靠阪本龍馬“社中”的活動，從薩摩購運武器接濟長藩，又從長州購運糧食接濟薩藩，兩藩所需武器都由英方提供。11月，木戶孝允和薩摩的五代友厚，又經阪本斡旋，在下關簽訂《商社會談議定書》，建立了薩長經濟同盟。[341]田中彰指出，薩長兩藩以薩摩、長崎、下關為中心（可擴大到大阪）的西南日本貿易圈，有切斷幕府支配的國內商業網，形成全國性市場的企圖。[342]倒幕派在政治軍事聯合的基礎上，又增強了經濟的結合，由此形成了以薩長同盟為核心的舉國討幕的局麵。