第一個階段（3月25日至3月31日），孫中山想通過國會解決袁世凱辭職問題，他對日本並未提出更多希望和要求。
當時國民黨在國會中占據多數席位，因此孫中山認為國會有力量彈劾袁世凱。3月26日，即孫中山返抵上海的第二天，他首次會見日本駐上海總領事有吉明，談了自己的上述想法。他對袁世凱暗殺宋教仁非常憤慨，表示不能熟視無睹。但他沒有說到武力討袁，而是主張“用正當的手段，訴諸世界公議，以此排斥他”[2]。
孫中山的這種說法是符合他當時的思想實際的。當時，廣大民眾經過辛亥革命的動亂，渴望安定和平的生活。作為一個革命的政治家，孫中山在政治解決尚有希望的情況下，是不願輕易動用武力的。由於孫中山在這一時期主要是想依靠自己的力量，即通過國會解決袁問題，因此沒有向日本提出具體要求，僅希望日本對中國南北局勢“予以充分注意和警戒”[3]。有吉總領事當天即把會見情況電告外相牧野伸顯，內稱：“這不僅成為南北分裂的原因，而且北方也難免陷於混亂局勢。”[4]他認為，彈劾袁世凱將引起中國南北分裂，中國政局將再次動亂。這個判斷，成為日本政府製定對孫中山和二次革命政策的依據。27日，駐北京公使館武官青木宣純少將向軍部報告，稱上海國民黨的一些人欲派刺客暗殺袁世凱和趙秉鈞。
牧野外相接到有吉和青木的電報後，27日電令有吉總領事，速向孫中山轉告青木報告的情況，請孫“叫黨員切勿輕舉妄動”，“現在中國是最需要避免動亂、保持平靜的時候，南北權威人士如訴諸引起相互猜疑的謠傳的手段，則局勢立即混亂，局麵難以維持”。[5]有吉總領事於28日走訪孫中山，轉達了牧野外相的意見。對此，孫中山否認國民黨黨員進行暗殺活動，表示“堅決采取光明正大的手段，在議會上彈劾袁世凱”，如果袁世凱用武力對付議員，則“我方也用武力與之對抗，南方已有這一決心”。[6]可以看到，孫中山思想上有些變化，但出發點是對袁的武力防備，而不是主動以武力討袁。有吉還與黃興麵談過，黃興的看法和孫中山大體相同。