第五個階段（7月中旬至7月底），孫中山主張武力討袁，並關注日本和列強對二次革命的反響。
7月12日，李烈鈞在江西舉兵討袁，宣布獨立，二次革命爆發。14日，孫中山召見有吉總領事，談了自己的想法。他說：“江西是試金石，隻有堅決奮鬥”；黃興赴南京，今日可能宣布獨立，廣東、福建也不日獨立；如按預期進展，將在南京成立臨時政府，如長江一帶形勢不利，則把它設在廣東。孫把江蘇、江西、浙江、福建、廣東、湖南、山西、陝西都算在自己的勢力之內，認為南北力量大體上相等。孫中山對軍費問題有些悲觀，想在近期內設法解決，但沒有乞求日本提供資金或軍械，隻顧慮日本的意向和外國人對二次革命的反應，一再問及此事。對此，有吉答道，日本的意向尚不清楚，但如保持外人居留地的安寧，則不會招致外人反感；至於對占領江南製造局的北軍，應慎重行事。這也是孫中山所苦惱的問題，但有吉沒有就是否由列國領事團勸北軍撤回表態。據有吉致牧野電，當時孫中山尚無十足信心，對時局甚為憂慮。[49]
但是幾天以後，孫中山信心大增，對日態度也有了變化。7月21日，孫中山與有吉麵談，當時南京、安徽、廣東、上海已相繼宣布獨立，革命形勢發展迅猛。有吉在致牧野的電報中說，孫中山“意氣昂揚，非常得意”，談了各省相繼獨立的大好形勢。[50]孫斷言，如果袁不辭職，則不能期望和平；他致電袁，促他辭職，[51]如其不從就向全體國民發出促令袁辭職的宣言。[52]這次談話表明了孫中山與袁世凱鬥爭到底的決心。
孫中山的這種決心，使他公然批評日本和歐美列強。他說：“在五國借款成立之際，我向各方預言此項借款必成為內亂的原因，但哪個國家也不聽，假借中立之名，都采取了對己有利的政策，即暗中援袁的方針。”他還說：“南方上下都信賴日本，對日本抱很大希望，但日本卻和列國一起，依然采取利己的中立態度，使日本失去了大家的信賴和希望。”這是孫中山訪日歸來後對日本的第一次批評。但這個批評不是要與日本決裂，意在得到日本的協助，他“希望日本，勸誘一兩個國家，率先給袁以辭職的友好勸告，如其他國家狐疑，可由日本單獨勸誘他”。孫中山斷言：“袁仰賴於外國，如外國進行此種勸告，袁將格外迅速地服從，立即實現和平。”[53]這說明，孫中山雖然主張武力討袁，但未完全放棄通過列強勸告解決反袁問題的希望。有吉在與孫中山的這次談話中，再次說明了日本政府的方針，並以個人身份發表看法說，如進行那種勸告就開了外國幹涉中國內政的先例，勸孫不靠外援，從內部解決問題。但是，孫中山堅持己見，他說：“袁始終以外援為生命，終於以蒙古為誘餌，依靠俄國。外國的插手和幹涉，鑒於現狀，事實上難免。在我們希望的時候，不如由日本掌握主動是有利的。”[54]有吉沒有明確拒絕孫中山的這一要求，遂將這一情況電告日本政府要人。但牧野立即於22日電訓有吉，斷然拒絕孫中山的要求，還批評有吉與孫談話時留了餘地。[55]