南京臨時政府的成立，與1911年12月南北議和破裂有關。但該政府的成立，又促使破裂的南北議和以不同的形式繼續進行。因此，南京臨時政府的另一大課題即是南北議和問題。
孫中山歸國後反對南北議和。在上海的宗方小太郎當時為日本海軍軍令部（指參謀部）收集孫的動向，並及時上報。據他的報告，“孫的意見是絕對排斥（南北）議和，如果列強進行武裝幹涉，其結果即使中國四分五裂，也在君主政體的名義下不講和。最後達不到共和國的目的，如十年達不到，則二十年、三十年也要爭取它”[41]。但孫的此種想法遭到南京方麵的反對。因此，他也不得不讚成議和，並於1月2日複電袁世凱，“文不忍南北戰爭，生靈塗炭，故於議和之舉，並不反對”，“倘由君之力，不勞戰爭，達國民之誌願，保民族之調和，清室亦得安樂，一舉數善，推功讓能，自是公論”。[42]同日，孫又通過伍廷芳向袁表示，如袁迫使清帝退位，孫則把大總統之職位讓給袁。[43]
對袁世凱來說，南京臨時政府的成立既是對他的威脅，又是利用它來迫使清帝退位的有力武器。因此，袁對它采取了既想消滅又想利用的兩麵手法。袁通過梁士詒、唐紹儀、伍廷芳與孫中山秘密進行南北議和。
那麽，日本對這次南北議和與孫中山讓位采取了什麽態度？為了說明日本就此的態度，不能不涉及英國對此問題的態度和日英的相互關係。因此，以孫與袁、日與英這四者就此問題所開展的外交活動為中心，來考察日本對此問題所采取的態度。
袁在此問題上也想得到英國的支持。袁接到孫的電報和內傳消息後，於1月11日派梁士詒詢問朱爾典公使：各方意見都認為目前情況下皇帝應退位，由他建立臨時政府，如建臨時政府列國是否予以承認？[44]朱爾典雖然沒正麵回答，但暗示支持和承認。當時日本堅持君主立憲，反對共和政體，且反對袁上台執政。因此，袁、梁和朱爾典都擔心日本。12日朱爾典與日本公使伊集院密談此事，並問了日本的意見。[45]伊集院沒有直接表示意見。同一天，袁又找其日人軍事顧問阪西利八郎，探測日本的態度。袁說，英國不再支持君主立憲，其他列國也持旁觀的態度，如果這樣下去清廷隻好瓦解；日本聲言讚成君主立憲，但在南方有影響的日人相繼參與革命軍的謀議；據新聞報道，日本官民似乎都讚成共和，日本國政府究竟對時局持有何想法？[46]這實際上是希望日本放棄君主立憲，支持共和製。對此，伊集院公使通過阪西對袁說：“如清朝廷瓦解則產生重大的後果，應認清此點。”[47]言外之意是不讚成清帝退位。但伊集院公使在對內田外相的報告中說，清帝退位是大勢所趨，隻是時間問題，如要抗衡這一大趨勢，讓清廷和袁世凱維持現狀，則須有從外部用實力援助它到底的決心。[48]伊集院為何如此堅持君主立憲，維護清廷呢？其理由有二。一是從政治上堅持君主立憲的政體。作為君主立憲的日本，從主義上不讚成共和，讚成共和等於否定了自己萬世一係的天皇體製。因此，伊集院頑固堅持己見。二是從經濟上共和製對日本和列強非常不利。伊集院認為，清帝退位後中國必然失去中心，導致四分五裂，這會對日本和列國的對華貿易與經濟活動帶來嚴重的後果，而且有可能招來各列強瓜分蒙古、西藏等的爭奪戰。[49]