當時農村中還保留著公社關係的殘餘；農民公有山林、草地，農忙期有進行勞動互助的“結”及兼有宗教信仰的互助性質的“講”等組織。農民以“寄合”（聚合）的形式，商議本村大事，製定村規，選舉村吏，保證全村交納年貢，共同舉行祭神，興辦工程等，違反村規要受“村八分”（全村對他斷交）的懲罰。這樣的農村，又多具有農村自治體的形態，但貧農都不許參加自治組織。
幕藩領主巧妙地利用這種農村共同體，作為封建統治的工具。各村由形式上從自治體選出的“地方三役”[51]管轄。慶長八年（1603），為加強統治農民，保證貢租收入，實行了“十人組”[52]製度。又將若幹村組成鄉組，任大莊屋（鄉長）統治屬村，以若幹鄉組組成郡，設郡奉行。幕府和各藩就是這樣自上而下地統治了全國農民。
幕府為了保障財源和鞏固封建統治基礎，對農民設置重重限製，實行殘酷的超經濟強製。寬永二十年（1643）下令嚴禁土地買賣，犯者判徒刑後流放。以後更禁分田給子孫、禁種經濟作物，禁農民遷徙、轉業，甚至幹涉到農民的衣食住等生活細節。慶安二年（1649），幕府製定了統治農民，旨在榨取其全部剩餘勞動的法令《慶安告示》32條，典型地反映了封建統治階級殘酷掠奪壓迫農民的用心。[53]
城市的工匠和商人統稱為“町人”，按行業住在一定的地域。町（市鎮、街區），和村一樣，近於一種自治體。有房地的可參加町政，租賃房地的則無此資格。全町司法警察權由武士出身的“町奉行”主管，町內的日常行政事務由“町年寄”（長老）、“町名主”（市、鎮董）等有財力的商工業頭目處理。町也實行五人組製度。市民負有種種連坐責任。町人租用地產須交納“地子錢”（租金），經營工商業要交納“運上金”（營業稅）、“冥加金”（牌照稅），負擔比農民的年貢輕，受幹涉也少。手工業者因沒有資金，力量不及商人，大多負有為領主做短工的義務（也有出錢代工的）。幕藩領主為維護封建秩序，嚴格限製商業資本的發展，宣揚“貴穀賤貨”，實行重農輕商政策，多方幹涉町人的活動。