獨尊朱子學
儒家思想古來就是日本封建社會精神支柱之一，儒學本是中國傳統思想的核心。儒學的中心思想是人生價值（人貴於物）的觀點。它肯定人們生活和道德的價值，肯定現實生活的精神，從不悲觀厭世，更沒有出世和輪回等宗教思想。它主張追求知識，吸取文化遺產，習慣於反思和總結經驗。這是儒學的積極部分。但它在人和自然的關係上講天人合一，順應自然，宣揚“性命義理”之學。在人際關係上繼承孔孟“道統”，講等級貴賤、家庭本位、中庸之道、恪守成規、追求功名等，被宋人稱為“道學”（亦稱“理學”）。這是儒學的消極部分。
儒學在宋代為朱熹一派集大成，朱子學在堅持唯心主義世界觀，維護封建秩序，並使之合理化，以至阻滯中國社會發展方麵有其嚴重缺點；但在探討“理氣關係”“格物致知”“知行合一”等問題時，提出了深刻的辯證法觀點；同時在重視氣節操守，發揚愛國主義精神，以及對理論思維與民族意識的發展有過積極的影響。
鐮倉時代朱子學隨禪宗傳到日本。最初在京都公卿和五山禪僧間傳播。南北朝、戰國時代，他們避亂到地方，依托大名武將，利用朱子學作為封建禮教正統觀念的依據，影響武士和人民。當時日本朱子學尚未獨立，仍包含在佛教中。到江戶時代，幕府為維護等級製，使朱子學脫佛為儒。1600年德川家康召播磨國禪僧藤原惺窩（1561—1619）到江戶還俗，創儒學京學派，與其門徒林羅山（1583—1697）以朱子學名儒身份，先後受重用，為諸侯公卿講四書。
惺窩到江戶，便推重宋學，主張“人倫皆真”，否定佛教出世觀，排佛歸儒。但真正創立日本朱子學的是林羅山。羅山以京都一禪僧崇儒排佛，入惺窩之門後，涉獵諸子百家，其學不但越出朱子學的窠臼，且結合當時日本政情，有所創發。他為克服日本戰國時代“下克上”的封建危機，力尊程朱三綱五常、大義名分思想，[61]但對理學不適於幕藩統治的則加以修正。如忠孝關係上，中國儒學向重孝，[62]羅山則主張“忠孝不得兼，寧舍孝而重忠”[63]。他讚同湯武放伐論，予幕府討伐豐臣遺族以論據。在宗教問題上，他排佛、耶而與神道結合，認為“（神道）即王道也、儒道也、聖賢之道也”[64]。因此獲得德川家康的特別信賴，任他為侍講，顧問幕政，參與法製、外交文書的擬定。寬永七年（1630）三代將軍德川家光賜上野忍岡地基一段，令羅山建立聖堂（孔廟）和學塾，教育幕臣子弟，林家世襲儒官。元祿三年（1690）五代將軍綱吉移築聖堂學塾於湯島昌平阪，命林家三代孫鳳岡為大學頭，主持這一幕府的最高學府（稱昌平黌）。[65]林家從此世襲主管文教的職位，朱子學成為官學。