島原、天草兩地自1634年以來，天災不斷，農民吃樹皮草根充饑，多次向藩府借米，兩家領主毫不過問，隻用嚴刑逼租。寬永十四年（1637） 10月，島原南端津村的農民與三右衛門請求緩付沒有交齊的一部分租穀，鬆倉的家臣田中宗夫立刻將右衛門的懷孕的妻子囚入水牢，她已到臨產期，泡在水裏六晝夜，嬰兒出生便斷了氣。右衛門和親友群眾被這種暴行逼得忍無可忍，匯合了七八百人包圍並放火燒了田中的邸宅。田中逃進城堡，百姓追到城堡外，燒了市街。右衛門妻家就在對岸天草島上，天草的農民也憤而參加起義。[115]由此看來，事件從開始就是一場農民針對領主苛政的反封建鬥爭。
群眾推舉了一位勇敢而有才智的16歲青年天草時貞（四郎）[116]做首領。他到全島各地宣傳，農民們和被殺教民的遺族都聚集山中、海島開會，宣誓起義。一些多年受苦的莊屋（村長）、舊藩浪人武士，在起義中發揮了核心作用。10月22日，島原藩2名捕吏帶兵25人到有馬村，逮捕2個教徒家屬。有馬村代官（藩吏）林兵右衛門探悉該村農民佐誌木左衛門禮拜天主像，大怒，破門而入，燒掉畫像，同時將他因拖欠年貢捕去抵押的女兒，脫下衣服，用火把拷問。在場的四五個農民，憤而用農具殺死了林兵右衛門。於是浪人武士善右衛門宣告，“立刻殺掉各村藩吏”。島原南部各鄉紛紛響應，殺藩吏，燒寺廟，10月25日開始了武裝暴動。
10月26日，起義軍2000多人粉碎了藩署派來鎮壓的軍隊，包圍了富岡城，在天草四郎的領導下，兩地大部分地區已為起義軍所控製。參加起義的群眾十分廣泛，島原南部13鄉全人口的80%參加。其中6鄉不論男女老幼一齊參加起義軍。[117]從階級成分看，除農民外，還有手工業者和藩主的奴仆，有天主教徒，也有佛教徒。一些上層農民，如上述的莊屋（村吏）、因失去舊藩主而淪為農民的浪人武士，擔任了起義軍的指揮。當時被圍困在島原城內的藩吏，飛報幕府和正在江戶的藩主鬆倉勝家，並向鄰藩求救。但各藩都觀望不前，將軍德川家光接報，驚呼這次起義“如昔之一向宗”，忙令正在江戶的一些西南藩主趕回本藩，防止蔓延，並調兵遣將前往鎮壓。