通過島原起義，德川幕府不單認識到對外貿易對封建經濟的威脅，而且更理解到外來宗教對幕藩統治的威脅，由此實行持續200多年的鎖國體製。寬永十六年（1639）幕府發布第五次也是最後一次鎖國令。全麵禁止外船來日，命各藩檢查航行船隻，提高密告外船走私入境者以3倍的獎金，並禁絕國外教會對日本教民的一切聯係與影響。寬永十八年（1641），將同基督教傳教無關的荷蘭人一律轉移到長崎的出島，[119]限製外文書籍進口，連朱印船貿易也禁止了。日商受重大損失而破產。鎖國後，幕府隻限長崎一港，準許中國、荷蘭船舶通航，獨占了與日本的貿易。由此日本的外交和貿易全部被置於幕府統製下。輸入品中占重要位置的生絲交易則被持有生絲特許證的豪商集團（“絲割符仲間”）獨占。
鎖國時因貿易額沒有限製，所以奢侈品的輸入，金銀銅外流的趨勢，長期沒有變化。但金銀銅的產量漸減，繼續外流會減少國內通貨，貞享二年（1685）後，不斷限製貿易額並取締走私。正德五年（1715），幕府頒布《海舶互市新例》（正德新令），對貿易限製做了全麵安排。規定每年中國船限30艘，銀6000貫[120]；荷蘭船限2艘，銀3000貫。這一限額一直實施到元祿年間（1688—1703）。此後，金銀生產減少，國內產業發達，絲、糖、工藝品等重要進口貨漸能自給，外貿額自然下降。
整個鎖國時代（1633—1857），幕府強迫天主教徒改宗佛教。如上所述，每個日本人都必須固定一個寺廟作為他的“檀那寺”[121]，由寺院證明他是某一佛教宗派的信徒。寺院掌握了信徒的“改宗戶籍”[122]，成為幕府統治人民的工具之一。當時稱這樣的製度為“寺請”或“檀家”製度。