商品貨幣經濟侵蝕農村，不但引起農民生活的變化，而且由於貢租苛重，商人高利貸兼並土地，寄生地主製發展，農民的土地經營愈加零細化，貧困農民不斷淪為佃農、雇農，享保年間（1716—1735）佃農已達農村人口的一半。[209]幕藩為克服財政困難，繼續鑄造劣幣，濫發不兌現的“藩劄”；對農村提高年貢額，並丈量土地，增加固定產額的租率。他們向農民提前一年征收年貢（“前納”）甚至提前征收第三年的年貢（“前前納”），加重剝削。地主對富農則征收“用金”（攤派）。
17、18世紀間（元祿、享保期），典地農民日多，本百姓為不再失地，要求領主減少剝削，到處發生鬥爭。他們結合在農村共同體之下，要求領主減少年貢課役。幕藩規定農村有控訴事件須由村長逐級上告，但地方官總不理會，最後往往隻得由擔任村吏的自耕農帶領群眾或代表全村人民越級控訴。這種鬥爭形式稱為“代表越級請願”。[210]17世紀中葉，鬆木長操和佐倉宗吾領導的農民鬥爭即其著例。鬆木是若狹（今福井縣西部）地方一個16歲的莊屋（村長），1640年他代表本村農民反對增征大豆為年貢，向藩廳請願。他英勇不屈，堅持鬥爭12年，最後在臨刑前仍鼓勵人民群眾鬥爭到底。[211]還有，至今日本人民中仍有口皆碑的佐倉宗吾的傳說，也反映了當時農民鬥爭的情況。約17世紀中期，下總（今千葉縣）佐倉藩上岩橋村農民，本名木內惣（總）五郎，通稱佐倉宗吾，代表200餘村農民向幕府執政攔轎控訴領主堀田橫征暴斂，要求減輕負擔。無效，宗吾一人向將軍直訴，終被接受，但宗吾夫婦和4個兒子都被處死。據說宗吾被縛上刑架時，還怒斥領主。日本文學史上留下很多歌頌宗吾的作品，如《地藏堂通夜物語》《花雪佐倉曙》等，為遊方僧所詠唱或上演於歌舞伎中。此外還有《宗吾郎實錄》《佐倉義民傳》等史料傳世。