隨著農民、市民鬥爭的發展，日本出現了傑出的農民思想家安藤昌益。昌益字良中，生於武士家庭。中年在今青森縣研究醫學、本草學、行醫。昌益的生卒年月，目前還沒有確說，[215]但根據他著述的出版年代，可知其活動時間是在18世紀中葉。他曾遨遊國內各地，包括當時日本對外門戶長崎，接觸社會各方麵，甚至對荷蘭也有所了解。著有《自然真營道》和《統道真傳》等書。前者為101卷（93冊），大部毀於關東地震，今存僅15卷（15冊）。後者凡5卷（5冊），相當於前者的摘要。他是一個不被封建文人重視的思想家，但他卻是一個反映農民階級要求和願望的傑出人物。
唯物論者昌益，主張物質第一性。他認為天地萬物“無非一氣所生，無非一氣所滿。自然轉（天）定（地）人物中，唯一氣充塞而無間”[216]。這就否定了朱子學派主張客觀唯心主義的理氣二元論，同時也是對陽明學派主觀唯心論的批判。
他在《自然真營道》中，建立了一套獨特的社會發展史觀。他認為人類最早出現的是一種平等地生產勞動的“直耕”社會，即“自然世”。自從產生了剝削階級及其代言人——儒家（聖人）、釋迦等“盜天道”者後，就進入了“法世”的階級社會。他堅決主張，應從“法世”回到“自然世”。他認為，無論神佛宗教，以及儒、老、陰陽五行之說，都不是“自然之真道”，“真道在於‘直耕’”，即農民自食其力，而神佛儒老之說，則不過是“盜道之私”。為徹底摧毀封建意識，昌益更在《統道真傳》中以“糾聖失”“糾儒失”“糾佛失”等觀點明確的卷名，對宗教迷信和儒學予以堅決的揭露和批判。
昌益痛斥孔孟之徒為“亂世”的“不講貪食者”，鄙棄儒家經典，認其“無一語合自然之真道”；“孔丘，一生之書說、辯教，皆為私法，非自然之道，妄失也”。[217]孟子則“說堯舜之仁義道德，貪食眾人之直耕，是又盜道也……孟子之書言，悉私失，無一合於道者。故皆棄之不足評也”[218]。