康熙帝有一個不平凡的童年，對他的一生影響深遠。他於順治十一年三月十八日（1654年5月4日）出生在北京皇宮景仁宮，是清朝第一位出生在北京皇宮的皇帝。當時，他的父親順治帝十七歲，母親佟妃十五歲。他是順治帝的第三個兒子，取漢名玄燁。玄燁生來就貴為皇子，他的童年生活可以說是錦衣玉食，讓普通百姓羨慕不已。但是，他所遭受的磨難也是普通百姓想象不到的。
玄燁的童年很少享受到家庭的親情和溫暖，沒有在父母膝下享受過一天歡樂。直到晚年他還說：“父母膝下，未得一日承歡，此朕六十年抱歉之處。”清朝內廷製度，皇子、皇女出生之後，母親不能撫養，要交給乳母、保姆養育。玄燁出生之後，不僅沒有一個和父母同居一室的家，而且連母親也不在身邊。他是獨居一處，由乳母、保姆等哺育、照顧，由宮女、太監等服侍、陪伴。二到七歲的六年間，他的皇父順治帝上演了與董鄂氏的愛情悲喜劇，皇父根本無心也無暇顧及他，他沒有享受到父親的關愛與教育。八歲時，他痛失皇父。玄燁給皇父守靈、默哀、祭拜、哭號，幼小的心靈受到巨大的打擊和創傷。到他十歲時，生母佟氏又病死了，玄燁晝夜守靈，水漿不入，哭聲不停。一個才十歲的孩子，兩年之間，父母雙亡，形影相吊，實在可憐，這是人生幼年的最大不幸。
玄燁童年時期父母早亡，他特別得到祖母孝莊太皇太後的撫育和教誨。祖母教育他做人的規矩，凡飲食、行動、言語，都有規矩和尺度。即使平時獨處，也不能違反規矩。行、動、坐、臥，不可回顧斜視。如果有做不到的，就會受到批評。祖母的愛憐撫育稍微彌補了玄燁缺失的母愛和父愛。康熙帝後來回憶說：“朕自幼齡學步能言時，即奉聖祖母慈訓??賴是以克有成。”他還回憶說：“朕自八歲父親賓天，十歲母親崩逝，朕那時年齡還小，對他們的音容已經記憶不真，沒有機會給他們盡孝，至今都感到遺憾。幸虧有聖祖母太皇太後鞠養教誨，才能成人。”