公元2004年，地球突然遭到了不明身份的外星生物侵略，覆蓋整個天空的UFO大軍以及無情的侵略者降臨於世，而人類卻驚慌失措，無處可逃。在壓倒性的科技力和軍事力麵前，地球人組成的防衛隊僅在一瞬間就被全部擊垮，接著，地球接受新支配者統治的時代來臨了…
本該如此的。
確實本該如此，外星人都帶著先進武器攻過來了，弱小的地球人還有啥辦法呢？
可現實卻是這支來自於伽馬星係第五十八號行星庫隆星的地球侵略部隊先遣小隊小隊長Keroro軍曹，在一次軍事行動中失利，被地球人日向夏美及其弟弟日向冬樹擒獲於家中，當上了俘虜，之後隻能每天從事一些簡單的家務活動，換取三餐和零花錢，盡管他的生活過得還算不錯，隻要做完家務，一般的活動就是拚裝高達模型，看動畫片還有上網和家庭主婦聊天，但是卻沒有應該有的自由，在動畫片的前期，軍曹是被以恐嚇的方式軟禁在日向家的。
除此之外，先遣隊的其他成員也分別遭受到了不同的厄運。
重步兵Giroro伍長，是一個滿腦子隻有侵略的軍事狂，在日向家裏和擁有地球最強戰士稱號的中學三年級女生日向夏美單挑後戰敗，卻也因此愛上了這個本該是被侵略的敵對國的姑娘，接下來的日子難過自然是可想而知了。
特襲兵Tamama二等兵，依靠可愛的長相在小隊中混飯吃，性格很差，對軍曹有一種超越性別的感情，在剛來地球之後不久的偵查活動中被日向冬樹的同班同學西澤桃華發現，在看到桃華那異常可怕的裏人格之後，答應充當其寵物。
通訊參謀Kururu曹長，戴著一副玻璃瓶底的眼鏡，從小就是天才，無論是電腦係統還是科學發明無一不精，在庫隆星時曾被破格晉升為少佐，但因為他惡意戲弄參謀本部並涉嫌攻擊軍部電腦係統而被降職。抵達地球之後遇上了夏美的暗戀對象三郎前輩且被其收留，現在居住在Keroro小隊位於日向家的地下基地裏。