毛利小五郎受到了受到一個叫虎田直信的人的委托，負責調查他的兒子虎田義郎離奇死亡的案件，於是便帶著柯南和蘭一同前往。要說那孩子死的確實挺慘，是在某一天被龍卷風刮上了天，然後又掉下來給活活摔死的。
死的奇怪也就罷了，可當時在屍體邊上，還發現了一條被踩死的蜈蚣，換句話說，就是有人看到了義郎倒在血泊之中非但不救，反而還弄了個蟲子放在他邊上，就差說你丫活該這四個字了。
所以虎田直信懷疑者其中有蹊蹺，便高價請來了名偵探毛利小五郎。
而就在此同時，住他們村子另一頭的龍尾家，也請來了一位偵探，同樣是為了調查他們家兒子龍尾康司的死因。
這哥們兒死的比虎田家那小子還慘，是被人先綁起來抓到山上，然後活埋入土，就露出一個腦袋，接著又拿鈍器在腦袋上連擊無數下，直至打死為止。
更要命的是那家夥的屍體邊上也放了一條被踩死的蜈蚣。
偏巧不巧的是，龍尾家請來的那個偵探居然是服部平次。
而這虎田家和龍尾家，自打村子建村以來就是代代世仇，不過因為進入新世紀了，年輕人都開放了，也不再講究那老一套了，所以兩家現在的這一代互相之間的關係都很融洽。
隨著調查的深入，柯南和平次發現，在6年前，村裏的巡警甲斐玄人從馬上掉入山崖，盡管沒有當場斃命，但因為事發地點非常偏僻，再加之他受了重傷，還被埋在了落葉底下，故而一直沒有人發現，這位警察先生就這麽被活活的給餓死了。
就在三位偵探一同抱怨這叫什麽事兒的時候，卻不知因為他們的到來，也讓死神再度降臨到了這個村子。
先是龍尾家的兒媳婦龍尾綾華被人吊死在了樹林裏。周邊沒有任何人類的腳印，連她自己的都沒有，仿佛是被人騰空抱著過來的一般。