某日深夜，在東京的某個神社內，有三名可疑的男子正在密談。突然來了個戴著假麵具的黑影男人，不等那三人答話，便噌噌拔出日本刀和弓箭將他們全部瞬殺在地；幾乎與此事件同時，大阪、京都也相繼發生了殺人事件。警方在經過調查後發現，被殺害的五人都是出沒於東京、大阪、京都三地，專門偷竊著名佛像及藝術品的竊盜集團“源氏螢”的成員。這個集團以日本著名武士源義經的故事《義經記》為名，首腦化名“義經”，部下則以“弁慶”為首，各自以家將姓名相稱。
另一方麵，小五郎帶著柯南、小蘭和園子來到了京都。八年前，位於京都的古老寺院——山能寺中的一尊國寶級佛像遭到偷竊，寺院的住持委托他們解讀一幅可以判斷佛像藏匿地點的謎樣的畫像，因而請來了小五郎幫忙。柯南懷疑佛像是遭到竊盜集團“源氏螢”所竊，事件開始向破解的方向進展。然而在他到達義經、弁慶的傳說流傳的曆史遺跡——最著名的京都五條大橋調查時，有個手持竹刀的男人突然來襲！
那個吃飽了沒事幹的家夥乃服部平次（又是他），手裏的竹刀也是用以大欺小的方式從路過的小學生手裏給奪來的。
麵對橫掃而來的竹刀，柯南縱身一跳，躍上了橋欄。
800多年前，幾乎完全相同的一幕也曾在這五條大橋上發生過，當事人便是我們這章的主角，源義經和武藏坊弁慶。
如果要問，在這日本曆史的長河裏，最具悲情色彩的武士是誰呢？
答案是源義經。
出身高貴卻並非紈絝子弟，劍術高超卻心懷柔善，飽讀兵書但從不紙上談兵，每每打仗向來戰無不勝攻無不取，相貌華美優雅，妻子也是萬裏挑一的美女，可以說即便是現在的網絡YY小說中的男主角，都達不到這個程度，然而，就是這本該是擁有近乎完美一生的男人，卻在剛剛三十出頭的時候便被迫殺妻滅子然後自焚而亡，居然還是被自己的親哥哥給逼的。不得不說，這的確相當的悲情。