95%的動物都有眼睛，眼睛也是對進化論最大的挑戰，如此複雜又完美的東西，怎麽能通過盲目隨機的自然進化發展出來？追蹤視網膜上的視覺色素，最終將看到眼睛的共祖和葉綠體的祖先有千絲萬縷的聯係。
視覺是一種罕見的知覺。對於植物、真菌、藻類和細菌來說，它們都沒有眼睛，至少它們沒有傳統意義上的眼睛。而對於動物界的生物來說，眼睛也絕非所有動物共通的特征。一般認為，動物界裏至少存在38種不同的基本形態模式，在分類學上稱為“門”，其中隻有6個門的物種發展出真正的眼睛，剩下的物種在過去數億年間，都忍受著看不到一草一木的日子，然而自然進化並沒有因為缺少視覺而鞭笞它們。
但從另一個角度來看，眼睛為進化所帶來的利益十分明顯。並非所有的門都平起平坐，有些門比其他門更有優勢。例如包括人類和所有脊椎動物在內的脊索動物門，就有4萬種以上的物種；而在軟體動物門，則含有蛞蝓、蝸牛和章魚等10萬種物種；至於甲殼類、蜘蛛以及昆蟲所屬的節肢動物門，更是有100萬種以上的物種。把這幾個門的物種全部加起來，則占據了現存動物物種的80%左右。相較之下，其他幾個門無人問津，裏麵包含的怪異動物像是玻璃海綿、輪蟲、鰓曳蟲和櫛水母，也就隻有專業的動物學家能叫得出名了。這些門大多隻有幾十個到幾百個物種，像扁盤動物門，隻有一個物種。總體來看我們會發現95%的動物都有眼睛。可以說，少數幾個在過去發明了眼睛的門類，最終主宰了動物世界。
或許這隻是機緣巧合，或許在那少數幾個生物門的形態結構中，隱藏著被忽略的優點，不過可能性實在不大。進化出具有空間視覺的眼睛，不論從哪方麵來看，都比那些僅能探測明暗的簡單眼睛，更徹底地改變了進化的麵貌。根據化石記錄，第一隻真正的眼睛突然莫名其妙地出現在5.4億年前，差不多就是進化“大爆發”要開始的時候，也就是寒武紀大爆發開始的時候。那時候動物突然留下大量化石，記錄之多樣，令人歎為觀止。在這些現在已經寂靜了不知多久的岩石中可以看到，幾乎所有現存的動物門都毫無征兆地出現了。