流行性感冒病毒是典型的頻繁突變病毒，這類突變的過程被稱為抗原性漂移。流感病毒可在社區中持續傳播，積累各種基因變化，並在每年冬季引起流感暴發，而且每8～10年引起一次較大規模的流行。目前已發現甲型、乙型和丙型流感毒株，其中隻有甲型流感毒株為人畜共患病病毒。這種病毒也可在野生鳥類體內進行基因重組或抗原性轉變，通過與其他毒株交換基因組片段產生全新的流感毒株。這種新的毒株可能會導致大流行。
甲型流感病毒的天然宿主為鴨子等水鳥，但它也能感染多種其他動物，包括家禽、豬、馬、貓和海豹。甲型流感病毒會在野生鳥類的腸道內進行複製並隨糞便排出，從而在不引發任何症狀的情況下有效傳播給其他鳥類。流感病毒屬於副黏病毒，其RNA基因組由8個基因片段組成，這意味著各基因形成相互獨立的基因鏈，而不是形成一條連續的RNA鏈。刺激宿主的保護性免疫時，血凝素（用“H”表示）和神經氨酸酶（用“N”表示）基因發揮著最關鍵的作用。目前發現的16種血凝素基因和9種神經氨酸酶基因均可在禽流感病毒組合中找到。因為這些基因均為獨立RNA鏈，所以它們偶爾會發生混合或重組。因此，如果具有不同血凝素基因或神經氨酸酶基因的兩種甲型流感病毒感染了同一個細胞，其後代將攜帶來自兩種親代病毒的不同基因組合。這樣產生的大部分病毒不會感染人類，但偶爾也會產生能直接感染人類並造成大流行的新毒株。
近百年來，全球已發生五次流感大流行：在1918年的“西班牙流感”中，引起流感的H1N1病毒的8種基因均是從鳥類中分離出的；在1957年的“亞洲流感”中，引起流感的H2N2病毒獲得了3種新基因，包括從鳥類中分離出的血凝素和神經氨酸酶；在1968年的“香港流感”中，引起流感的H3N2病毒獲得了2種從野鴨體內分離出的新基因。1977年發生“俄羅斯流感”的原因很可能是當地實驗室泄漏了20世紀50年代的H1N1病毒。而導致2009年墨西哥“豬流感”的H1N1病毒中包含了6個來自北美豬流感病毒的基因和2個來自歐亞豬流感病毒的基因。