六月，曹操對帝國中樞機構的官僚製度作了改革。他取消了按照儒家典籍《周禮》設置的，以司徒、司馬、司空三公統領中央政府的體製，恢複了秦帝國和高皇帝朝設置的，以丞相和禦史大夫為首的中樞機構。其目的在於將國家的大權全部集中到丞相手中，也反映了曹操對秦帝國以及大漢初期法製社會的向往。秦帝國將中央分為以天子為首，以九卿為臣屬的內廷，和以丞相、禦史大夫、太尉三人為首的外廷。外廷是政府的行政機構。丞相負責政務，禦史大夫負責監察，太尉負責軍事。皇帝是最高國家元首，但不過細地幹預外廷執行具體的政事。可是後來，孝武皇帝要與臣下們爭權，便通過管理內廷文件的機構——尚書台控製文件的批準與執行，並授予中官“尚書令”的頭銜，掌控尚書台。孝昭皇帝年幼不能視事，便起用重臣霍光領尚書事。至孝成皇帝朝，尚書令以及尚書皆用士人，這些人官階雖低，但都能直接服從天子的意圖處理政務，丞相已被架空。光武皇帝光複以來，將丞相分為司徒、司空、太尉三公，不付實權，隻是名譽上地位最高的公卿。在國家改元、典禮，災變之際，皆按例更換。發號施令的大權歸尚書台掌管，重臣如掌實權，往往在頭銜之後冠以“領尚書事”或“錄尚書事”的字樣。
曹操改革了製度，這丞相他是做定了。丞相內府裏的幕僚計有東曹掾、西曹掾、主簿、文學掾和法曹議令史，分別由崔琰、毛玠、司馬朗、司馬懿和盧毓擔任。司馬懿是司馬朗的弟弟，聰明有大略，時年二十七歲，河內大世族出身，祖父司馬雋任過潁川太守，父親司馬防任過京兆尹，皆為二千石高官。他和袁紹一樣，身上稟承著世家大族的高貴習氣，看不起曹操的政府，當曹操征辟的時候，他居然裝成麻瘋病人。曹操說你不來，就殺了你，他這才嚇得應聘。就是這個人，日後將曹操的事業和理想付諸東流。